L'établissement du monastère Nicolas est étroitement lié au nom de son fondateur, Théophile Iakovlev. L'historien N. M. Shchegolekov mentionne dans ses informations sur la ville d'Arzamas qu'environ en 1580, un habitant d'Arzamas, Théophile Iakovlev, a construit une église en bois en l'honneur de Nicolas le Miracleux à ses propres frais. Cela est confirmé par un décret du tsar Alexeï Mikhaïlovitch du 28 mars 1670, adressé au boyard prince Léonti Chaïsupov, dans lequel il est dit que le monastère féminin de Nicolas a été fondé vers 1580 ou avant. L'igoumène du monastère de Spassky, Sergueï, a offert à l'église une icône sculptée de saint Nicolas de Mozhaïsk et a proposé à Théophile de créer un monastère féminin près de l'église, ce qui a été soutenu. Théophile a construit à proximité une autre église en bois chaude au nom de l'Épiphanie avec une chapelle de saint Georges le Victorieux, des sous-sols résidentiels, un porche en bois, un clocher et 30 cellules, en clôturant le territoire par une palissade. Il est probable que la bénédiction pour la création du monastère ait été obtenue à l'avance.

Au début du XVIIe siècle, Arzamas, comme beaucoup d'autres villes russes, était construit en bois et souffrait souvent d'incendies. En 1643, la cathédrale de la Résurrection a brûlé, et en 1650, un éclair a provoqué un incendie qui a détruit les deux églises, les cellules et la clôture du monastère féminin de Nicolas, ainsi que les tours du kremlin et une partie du mur d'enceinte. Les églises en bois, les icônes et les objets d'église se sont transformés en cendres. Le sort des moniales est inconnu, mais il est possible qu'elles aient été accueillies par le monastère d'Alexeï. Le monastère a été restauré, bien que dans des dimensions plus petites. Selon Shchegolekov, en 1650, la femme de Théophile, la vieille Pélagie, vivait encore, et avec ses fils Grigori et Afanassi, elle a construit une nouvelle église en bois au nom de l'Épiphanie. Le monastère a lentement repris vie, et cette église est restée la seule pendant environ 30 ans. On a décidé de construire la deuxième église en pierre, et l'église en pierre au nom de Nicolas le Miracleux a été consacrée en 1683.

En 1738, l'église en pierre de Nicolas a été restaurée et un clocher à trois niveaux a été construit. En 1740, une église en bois chaude au nom de l'Épiphanie a été érigée. En 1926, le monastère a été fermé, rebaptisé « Ville des Komsomols » et partiellement détruit, et les sœurs ont été dispersées.

Le 18 décembre 2015, la cathédrale de Nicolas a été consacrée au monastère d'Arzamas, où chaque jour le Sacrifice Sanglant est célébré. L'icône sculptée de saint Nicolas de Mozhaïsk, offerte lors de la fondation du monastère, est revenue à l'église. Bientôt, une icône miraculeuse de la Mère de Dieu « Délivrance des souffrances » est apparue dans le monastère, et depuis lors, la Reine des Cieux soutient les résidentes. Des milliers de pèlerins visitent chaque année le monastère de Nicolas, se renforcent dans la foi et reçoivent des guérisons et des délivrances des maux.