Dans la description du monastère de 1714, il est mentionné que le temple abritait un iconostase à cinq niveaux et de nombreuses icônes, « peintes à l'or et aux couleurs ». On peut juger de l'ornement intérieur du temple par la description faite en 1763 par Pierre Svinyin. Parmi les nombreuses icônes, trois images de saint Euphimie se distinguent, ornées de cadres en argent avec des couronnes dorées ; au-dessus de la porte des cellules hospitalières se trouvait l'image de « la Patrie » dans un cadre doré.

Tout au long du XVIIIe siècle, le temple a été réparé à plusieurs reprises. En raison d'un manque de fonds, l'hiéromoine Philaret s'est adressé à la princesse P.I. Golitsyna, dont la mère était enterrée dans l'église hospitalière, pour lui demander de faire un don pour remplacer le toit. En 1765, le toit au-dessus des autels a été réparé, et le pavillon a également été réparé à plusieurs reprises. En 1793, une rénovation majeure a été effectuée : le pavillon a été recouvert à nouveau, la maçonnerie en brique a été restaurée et les murs ont été plâtrés. À l'intérieur du temple, des réparations ont également été effectuées et un nouvel iconostase a été installé. Un contrat avec le doreur serf du comte N.P. Sheremetyev, Ivan Timofeïevitch Serkov, qui a doré le nouvel iconostase, a été conservé. En même temps, les cellules hospitalières ont également été reconstruites.

Lors des travaux de réparation sur le mur sud de la partie réfectoire du temple, des fragments des murs du volume initial de l'église du début du XVIIIe siècle ont été découverts. Cependant, le temple rénové n'est pas resté longtemps. En 1805, la question de sa réparation s'est à nouveau posée, mais l'état du bâtiment nécessitait des mesures plus sérieuses. Les fonds pour la démolition de l'église et la construction d'une nouvelle église ont été donnés par Anna Alexandrovna Golitsyna, épouse de M.M. Golitsyn. Elle souhaitait établir dans la nouvelle église une nécropole pour la famille Golitsyn et la consacrer au nom de l'archange Michel, le protecteur de son mari. Le projet a été réalisé par Ivan Vassilievitch Yegotov, qui a également construit la maison principale dans le domaine de campagne des Golitsyn à Vlahernskoye (Kuzminki). Les œuvres de cet architecte sont devenues célèbres dans l'architecture classique de Moscou, y compris le bâtiment principal de l'hôpital militaire à Lefortovo et la maison principale du domaine de Liublino des Durasov. Depuis 1803, il était directeur de l'Expédition de dessin du Kremlin.

L'église est construite dans le style classique de l'« empire alexandrin » et représente un volume cubique avec une coupole sur un large tambour. Une caractéristique de l'architecture de l'église est sa façade est, dont l'abside est de la même hauteur et largeur que l'église, ce qui rappelle les mausolées-rotondes, populaires à la fin du XVIIIe siècle. L'entrée principale de l'église, construite à l'époque soviétique, était marquée par un portique solennel avec des éléments des ordres toscan et dorique. L'architrave en pierre blanche est décoré de rosaces en stuc, et le tympan du fronton, symbole de « l'œil omniscient ». Lors de la construction de la nouvelle église, le mur ouest, qui était le mur des cellules hospitalières, a été conservé. À l'intérieur de l'église, dans la partie nord-ouest, un escalier en pierre blanche a été construit, menant à la nécropole. L'église a été consacrée en 1809 par l'archimandrite du monastère de Don, Viktor. D'après une description des années 1820, il est connu que le toit de la coupole et de l'église était recouvert de fer blanc, et la croix était dorée.

L'église au nom de l'archange Michel est devenue la nécropole de la famille Golitsyn, où se trouvaient déjà en 1822 treize tombes. En 1845, un nouvel iconostase a été réalisé, et dans les années 1860, la peinture sur les murs de l'église et dans l'autel est mentionnée pour la première fois. L'église a été entièrement peinte en 1877 par l'artiste M.E. Golovanov, qui a conservé les fresques des années 1860. La peinture monumentale dans la partie réfectoire de l'église a été renouvelée par un iconographe du village de Palekh, P.M. Sokolov, en 1894-1895.

Dans la nécropole reposent des représentants éminents de la famille Golitsyn. Ici, sous des dalles de fer, repose la dépouille de N.P. Golitsyna (née comtesse Tchernysheva) et de son époux V.B. Golitsyn. Selon les souvenirs de contemporains, A.S. Pouchkine a représenté Natalia Petrovna sous les traits d'une vieille comtesse dans « La Dame de Pique », et le sujet a été raconté au poète par le petit-fils de la princesse. Son fils, Dmitri Vladimirovitch (1771-1844), qui a été gouverneur général de Moscou pendant plus de 20 ans, participant à la guerre patriotique de 1812 et aux campagnes étrangères de 1813-1814, chevalier de presque tous les ordres russes, membre du Conseil d'État, repose également ici. À ses côtés repose Tatiana Vassilievna Golitsyna (née princesse Vassilchikova), dame d'honneur et épouse de D.V. Golitsyn, connue pour son activité philanthropique. Ici repose également sous une dalle de fer la dépouille d'un autre héros de la guerre de 1812, le général-lieutenant prince Nicolas Yakovlevitch Golitsyn. Au total, il y a plus de 30 sépultures de représentants de la famille Golitsyn dans l'église.

En 1893-1894, des réparations des façades et des intérieurs de l'église ont été effectuées. La nécessité de la réparation était due à la vétusté de l'intérieur. La communauté monastique a écrit dans son rapport que « le plâtre s'est fissuré à certains endroits, l'iconostase a terni, et la peinture, tant sur les icônes que sur les murs et les voûtes, s'est détériorée et s'est salie, le sol, où le pavé est en pierre blanche, s'est dégradé ». Ayant appris des réparations, le prince S.M. Golitsyn s'est adressé au Bureau du Synode pour demander la permission de réparer à ses frais, en faisant une entrée dans la nécropole depuis la rue, et en décorant l'entrée de l'église sous la forme d'un arc en marbre avec une porte sculptée, il a été proposé d'élargir l'escalier existant.

En 1894, selon le projet de l'architecte M.P. Ivanov, des tambours en pierre ont été ajoutés aux façades nord et sud, ainsi qu'un vestibule et un nouveau porche dans la partie réfectoire. Le tambour du portique de l'entrée nord de l'église a été démonté dans les années 1950 lors des travaux de restauration, et le portique nord a également été restauré à ce moment-là. À l'été 1894, des entrepreneurs ont été trouvés : les travaux d'iconographie ont été réalisés par I.M. Frolov, les travaux de peinture et de décoration par le peintre du village de Palekh P.M. Sokolov, et les travaux de menuiserie et de charpente par S. Fomichev. Au cours de l'année, un nouvel iconostase a été réalisé « avec l'ajout d'un nouveau niveau au-dessus des icônes locales ». Dans la réfectoire, deux iconostases « du même dessin que celui du pré-autel, et entièrement dorés à l'or rouge » ont également été installés. Sur le pilier central et les murs de la réfectoire, « 16 images sacrées dans le style franscais avec de l'or » ont été peintes à nouveau. En même temps, toutes les fenêtres et portes ont été remplacées, de nouveaux appuis de fenêtre en marbre ont été fabriqués, et le sol a été pavé de pierre de Podolsk (sable). L'ornement intérieur de l'église a été conservé de manière fragmentaire.

Depuis les années 1930, l'église abritait un département du Musée d'architecture, où des monuments commémoratifs ont été rassemblés : des sculptures funéraires provenant des églises du monastère de Don, d'autres monastères et églises de Moscou, ainsi que de domaines de la région de Moscou. Pendant de nombreuses années, le département de la sculpture commémorative du Musée d'architecture scientifique et de recherche d'État s'y est trouvé. Ce n'est qu'au milieu des années 1990, après le retrait des objets d'exposition du musée, que des travaux de restauration ont été effectués dans l'église. Les artistes restaurateurs ont révélé les fresques dans la partie principale de l'église et dans la réfectoire. Sur le mur ouest de la réfectoire, la composition « Sermon sur la montagne », réalisée en 1895, a été révélée.

Actuellement, l'église conserve des sculptures commémoratives provenant des églises du monastère de Don et de la nécropole des Golitsyn, ainsi que des dalles funéraires commémoratives au-dessus des sépultures des représentants des familles Golitsyn et Shcherbatov, et des tombes transférées de la Petite Cathédrale. En 2017, des travaux de restauration ont été réalisés : recréation des panneaux de plâtre profilés sur les murs de la nécropole, peinture des murs et des voûtes, restauration des icônes, fabrication et installation de l'autel dans l'autel, renforcement de la couche de peinture, restauration des pertes de peinture. Tous les appareils de chauffage ont également été remplacés avec la pose de nouveaux tuyaux sous les dalles de sol et l'installation d'une nouvelle entrée de chaleur sous le porche du portique. Une protection contre la foudre a été réalisée pour le bâtiment. En 2017, l'Église de l'archange Michel a été lauréate du concours du gouvernement de Moscou pour le meilleur projet dans le domaine de la préservation et de la promotion des objets du patrimoine culturel « Restauration moscovite ».