En la descripción del monasterio de 1714 se menciona que en el templo había un iconostasio de cinco niveles y numerosas iconos, "pintados con oro y colores". Se puede juzgar sobre la decoración interior del templo a partir de la descripción elaborada en 1763 por Petr Svinyin. Entre las numerosas iconos destacan tres imágenes de San Eufimio, adornadas con marcos de plata con coronas doradas; sobre la puerta de las celdas del hospital se encontraba la imagen "Patria" en un marco dorado.

A lo largo del siglo XVIII, el templo fue reparado en varias ocasiones. Debido a la falta de fondos, el ieromonje Filaret se dirigió a la princesa P.I. Golitsyna, cuya madre estaba enterrada en la iglesia del hospital, pidiendo donaciones para reemplazar el techo. En 1765 se reparó el techo sobre los altares, y también se reparó el campanario en varias ocasiones. En 1793 se realizó una renovación completa: se volvió a cubrir el campanario, se restauró la mampostería de ladrillo y se enlucieron las paredes. También se realizaron reparaciones en el interior del templo y se instaló un nuevo iconostasio. Se conserva un contrato con el orfebre siervo del conde N.P. Sheremetev, Iván Timoféyevich Serkov, quien doró el nuevo iconostasio. Al mismo tiempo, se reconstruyeron las celdas del hospital.

Durante las obras de reparación en la pared sur de la parte de la refectorio del templo, se descubrieron fragmentos de las paredes del volumen original de la iglesia a principios del siglo XVIII. Sin embargo, el templo renovado no duró mucho tiempo. En 1805, surgió nuevamente la cuestión de su reparación, pero el estado del edificio requería medidas más serias. Los fondos para demoler el templo y construir una nueva iglesia fueron donados por Anna Alexandrovna Golitsyna, esposa de M.M. Golitsyn. Ella deseaba establecer en la nueva iglesia un mausoleo para la familia Golitsyn y consagrarlo en nombre del Arcángel Miguel, protector de su esposo. El proyecto fue realizado por Iván Vasílievich Yegotov, quien también construyó la casa principal en la finca de los Golitsyn en el pueblo de Vlakhérnoye (Kuzminki). Las obras de este arquitecto se hicieron conocidas en la arquitectura clásica de Moscú, incluyendo el edificio principal del hospital militar en Lefortovo y la casa principal en la finca de Lyublino de los Durásov. Desde 1803, fue director de la expedición de dibujo del Kremlin.

La iglesia fue construida en el estilo clásico del "imperio alexandrino" y presenta un volumen cúbico con una cúpula sobre un amplio tambor. Una característica de la arquitectura del templo es su fachada oriental, cuya ábside es igual en altura y ancho al templo, lo que recuerda a los mausoleos-rotundas, populares a finales del siglo XVIII. La entrada principal al templo, construida en la época soviética, estaba marcada por un pórtico solemne con elementos de órdenes toscano y dórico. El arquitrabe de piedra blanca está adornado con rosetas de yeso, y el tímpano del frontón, símbolo del "ojo que todo lo ve". Durante la construcción de la nueva iglesia se conservó la pared occidental, que era la pared de las celdas del hospital. En el interior del templo, en la parte noroeste, se hizo una escalera de piedra blanca que lleva al mausoleo. La iglesia fue consagrada en 1809 por el archimandrita del monasterio de Don, Víctor. De la descripción de la década de 1820 se sabe que el techo de la cúpula y de la iglesia estaba cubierto de chapa de hierro, y la cruz estaba dorada.

La iglesia en nombre del Arcángel Miguel se convirtió en el mausoleo de la familia Golitsyn, y ya en 1822 había trece tumbas. En 1845 se realizó un nuevo iconostasio, y en la década de 1860 se menciona por primera vez la pintura en las paredes del templo y en el altar. El templo fue completamente pintado en 1877 por el artista M.E. Golovanov, conservando las pinturas de la década de 1860. La pintura monumental en la parte de la refectorio del templo fue renovada por el iconógrafo del pueblo de Palekh P.M. Sokolov en 1894-1895.

En el mausoleo están enterrados destacados representantes de la familia Golitsyn. Aquí, bajo losas de hierro fundido, reposa el cuerpo de N.P. Golitsyna (nacida condesa Chernyshova) y su esposo V.B. Golitsyn. Según los recuerdos de contemporáneos, A.S. Pushkin retrató a Natalia Petrovna como una anciana condesa en "La dama de picas", y el tema fue contado al poeta por el nieto de la princesa. También está enterrado aquí su hijo, Dmitri Vladimirovich (1771-1844), quien fue gobernador general de Moscú durante más de 20 años, participante de la Guerra Patriótica de 1812 y de las campañas extranjeras de 1813-1814, caballero de casi todas las órdenes rusas, miembro del Consejo de Estado. Junto a él reposa Tatyana Vasílevna Golitsyna (nacida princesa Vasilchikova), dama de honor y esposa de D.V. Golitsyn, conocida por su actividad benéfica. También aquí, bajo una losa de hierro, reposa el cuerpo de otro héroe de la guerra de 1812, el general-lieutenant príncipe Nikolai Yakovlevich Golitsyn. En total, hay más de 30 enterramientos de representantes de la familia Golitsyn en la iglesia.

En 1893-1894 se llevaron a cabo reparaciones en las fachadas y en los interiores del templo. La necesidad de la reparación fue provocada por la antigüedad del interior. La comunidad monástica en su informe escribió que "el yeso en algunos lugares se había agrietado, el iconostasio se había oscurecido, y la pintura, tanto en los íconos como en las paredes y bóvedas, se había estropeado y ensuciado, el suelo, donde se había colocado piedra blanca, se había dañado". Al enterarse de la reparación, el príncipe S.M. Golitsyn se dirigió a la Oficina del Sínodo pidiendo permiso para realizar la reparación a su costa, haciendo la entrada al mausoleo desde la calle, y decorando la entrada desde la iglesia en forma de un arco de mármol con una puerta tallada, proponiendo ampliar la escalera existente.

En 1894, según el proyecto del arquitecto M.P. Ivanov, se añadieron tambures de piedra en las fachadas norte y sur, así como se construyó un vestíbulo y un nuevo pórtico en la parte de la refectorio. El tambor del pórtico de la entrada norte al templo fue desmontado en la década de 1950 durante los trabajos de restauración, y también se restauró el pórtico norte. En el verano de 1894 se encontraron contratistas: los trabajos de iconografía fueron realizados por I.M. Frolov, los trabajos de pintura y decoración, el pintor del pueblo de Palekh P.M. Sokolov, y los trabajos de carpintería y ebanistería, S. Fomichev. Durante el año se hizo un nuevo iconostasio "con la adición de un nuevo nivel sobre los íconos locales". En la refectorio también se instalaron dos iconostadios "con el mismo diseño que el del altar, y se doraron completamente con oro rojo". En el pilar central y en las paredes de la refectorio se pintaron nuevamente "16 imágenes sagradas en estilo franjés con oro". Al mismo tiempo, se reemplazaron todos los marcos de ventanas y puertas, se hicieron nuevos alféizares de mármol y se cubrió el suelo con piedra de Podolsk (arenisca). La decoración interior del templo se ha conservado de manera fragmentaria.

Desde la década de 1930, en el templo se encontraba una sección del Museo de Arquitectura, donde se reunieron monumentos conmemorativos: esculturas funerarias de las iglesias del monasterio de Don, de otros monasterios e iglesias de Moscú, así como de fincas de la región de Moscú. Durante muchos años, aquí estuvo la sección de escultura y plástica conmemorativa del Museo Estatal de Investigación de Arquitectura. Solo a mediados de la década de 1990, después de la retirada de los objetos del museo, se llevaron a cabo trabajos de restauración en el templo. Los restauradores revelaron las pinturas en la parte principal del templo y en la refectorio. En la pared occidental de la refectorio se reveló la composición "Sermón del Monte", realizada en 1895.

En la actualidad, en el templo se conserva escultura conmemorativa de las iglesias del monasterio de Don y del mausoleo de los Golitsyn, así como lápidas conmemorativas sobre los enterramientos de representantes de las familias Golitsyn y Shcherbatov, y lápidas trasladadas de la Catedral Pequeña. En 2017 se llevaron a cabo trabajos de restauración: recreación de paneles de yeso perfilados en las paredes del mausoleo, pintura de paredes y bóvedas, restauración de íconos, fabricación e instalación de un altar en el altar, refuerzo de la capa de pintura, reposición de pérdidas de pintura. También se realizó el reemplazo de todos los dispositivos de calefacción con la instalación de nuevas tuberías bajo las losas del suelo y la creación de una nueva entrada de calor bajo el pórtico del pórtico. Se realizó la protección contra rayos del edificio. En 2017, la Iglesia de San Miguel Arcángel se convirtió en laureada del concurso del Gobierno de Moscú para el mejor proyecto en el campo de la conservación y popularización de objetos de patrimonio cultural "Restauración de Moscú".