L'établissement de l'église est lié à la construction du Kremlin de Vologda à l'initiative d'Ivan le Terrible. Dans le "Chronique de Vologda", Ivan Slobodsky mentionne qu'en 1566, le tsar ordonna de poser la première pierre de la ville en pierre le 28 avril, jour de la mémoire des saints apôtres Jason et Sosipater. L'historien N.I. Souvorov associe cette date à la construction d'une église en bois en leur honneur, qui devint le précurseur du temple de Kazan. L'église était située à proximité du palais royal, et le temple domestique du palais était l'église de Joachim et Anne, qui fut plus tard consacrée en église de la Protection.

Le toponyme "na Torghu" est apparu au XXe siècle en raison de la proximité du marché. Les rangées de commerce étaient situées près de l'église de Kazan depuis le XVIIe siècle. Au XVIIe siècle, l'église était appelée "près de la rangée de poisson", et plus tard "sur le marais", ce qui est lié à la région marécageuse.

En 1605, les églises de Joachim et Anne, de Jason et Sosipater, ainsi que le palais royal ont été détruits par un incendie.

En 1760, l'église en pierre actuelle a été construite. Au XVIIIe siècle, elle a été peinte, probablement par les artistes du monastère de Spaso-Prilutsky, Yakov Alexeev Korostin et son fils Fiodor. Plus tard, les fresques ont été renouvelées. En 1820, l'église de Kazan a été rattachée à l'église de la Protection à Torghu. En 1832, elle a été réaménagée en église chaude pour les services d'hiver, tandis qu'en été, les services avaient lieu dans l'église de la Protection. Depuis ce temps, la paroisse est appelée la paroisse de la Protection de Kazan. Le 14 mai 1907, Jean de Kronstadt a célébré la Divine Liturgie dans l'église en route vers son village natal de Soura. Ce fut sa dernière visite à Vologda.

Le 4 juin 1929, l'église a été fermée. Ce mois-là, deux organisations ont soumis une demande de transfert du bâtiment : la coopérative ouvrière "Vologzhanin" pour la production de confiseries et le Selkredsoyuz pour un atelier de réparation de tracteurs. Cependant, les autorités ont décidé d'utiliser le bâtiment pour le stockage de documents de l'Okrarchivbureau. Dans les années 1930, le temple a perdu son achèvement, et à la fin des années 1940, début des années 1950, le clocher à bulbe a été démoli, endommageant partiellement la salle à manger. Jusqu'aux années 1970, le bâtiment abritait des bureaux de vente de produits laitiers. Après le transfert du marché de la ville, la question de la construction d'un immeuble administratif de grande hauteur sur la place du marché et de la démolition du temple a été envisagée. Cependant, les autorités ont abandonné ces plans et ont construit un nouveau bâtiment pour le comité exécutif régional sur la rue Hertzen, aujourd'hui le bâtiment du gouvernement régional.

La restauration du temple a commencé au début des années 1990 sous la direction du prêtre de l'église de la Protection à Torghu, le père Vassili Pavlov, et de la communauté dirigée par D.N. Tikhomirova. Le renouveau de la paroisse de la Protection de Kazan a commencé. En 1992, le bâtiment en ruine de l'église de Kazan, sans clocher ni dômes, a été transféré à la communauté de la Protection. Le 20 février 1995, par décret du Président de la Fédération de Russie, le temple de Kazan a été reconnu comme un objet du patrimoine culturel d'importance fédérale. Dans les années 2000, la restauration du temple a commencé selon le projet de l'architecte G.P. Belov : les dômes et les parties endommagées de la maçonnerie ont été restaurés, et la restauration du clocher a été entamée. Le 16 juin 2014, une paroisse distincte a été formée autour du temple. Le 20 juillet 2014, le premier service religieux a eu lieu dans le temple, une prière devant l'icône de Kazan de la Mère de Dieu. Le 11 mai 2015, le métropolite de Vologda et de Kirillov, Ignace, a célébré la première Divine Liturgie en 86 ans. En septembre 2017, le montage de l'iconostase dans la chapelle des saints apôtres Jason et Sosipater a été achevé. Les travaux de restauration se poursuivent dans le temple.