La fundación de la iglesia está relacionada con la construcción del Kremlin de Vologda por iniciativa de Iván el Terrible. En el "Crónica de Vologda", Iván Slobodskoy menciona que en 1566 el zar ordenó la colocación de la ciudad de piedra el 28 de abril, en el día de la memoria de los santos apóstoles Jasón y Sosípatro. El historiador N.I. Suvórov asocia esta fecha con la construcción de una iglesia de madera en su honor, que se convirtió en la predecesora del templo de Kazán. La iglesia estaba situada cerca del palacio real, y la iglesia doméstica del palacio era la iglesia de Joaquín y Ana, que más tarde fue reconsagrada como iglesia de la Intercesión.

El topónimo "en el Mercado" apareció en el siglo XX debido a la proximidad del mercado. Las filas comerciales estaban cerca de la iglesia de Kazán desde el siglo XVII. En el siglo XVII, la iglesia se llamaba "cerca de la fila de pescado", y más tarde "en el Pantano", lo que está relacionado con la zona pantanosa.

En 1605, las iglesias de Joaquín y Ana, Jasón y Sosípatro, así como el palacio real, se quemaron en un incendio.

En 1760 se construyó el actual templo de piedra. En el siglo XVIII fue decorado, presumiblemente, por los artistas del monasterio de Spaso-Prilutsky, Yakov Alexeev Korostin y su hijo Fedor. Posteriormente, las pinturas fueron renovadas. En 1820, la iglesia de Kazán fue anexada a la iglesia de la Intercesión en el Mercado. En 1832, fue remodelada en un templo cálido para los servicios de invierno, mientras que en verano los servicios se llevaban a cabo en la iglesia de la Intercesión. Desde entonces, la parroquia se llama de Pokrov-Kazán. El 14 de mayo de 1907, Juan de Kronstadt celebró la Divina Liturgia en el templo de camino a su pueblo natal, Sura. Esta fue su última visita a Vologda.

El 4 de junio de 1929, la iglesia fue cerrada. En el mismo mes, dos organizaciones solicitaron la transferencia del edificio: la cooperativa de trabajadores "Vologzhanin" para la producción de confitería y el Selkredsoyuz para un taller de reparación de tractores. Sin embargo, las autoridades decidieron utilizar el local para almacenar documentos de Okrarkhivburo. En la década de 1930, el templo perdió su remate, y a finales de la década de 1940 y principios de la de 1950, se desmanteló el campanario de cúpula, dañando parcialmente el refectorio. Hasta la década de 1970, el edificio albergaba oficinas comerciales para la venta de productos lácteos. Tras el traslado del mercado de la ciudad, se consideró la construcción de un edificio administrativo de gran altura en la Plaza del Mercado y la demolición del templo. Sin embargo, las autoridades abandonaron estos planes y construyeron un nuevo edificio del comité regional en la calle Herzen, actualmente el edificio del gobierno regional.

La restauración del templo comenzó a principios de la década de 1990 bajo la dirección del rector de la Iglesia de la Intercesión en el Mercado, el protoiereo Vasili Pavlov, y la comunidad encabezada por D.N. Tikhomirova. Comenzó el renacimiento de la parroquia de Pokrov-Kazán. En 1992, el edificio semi-destrozado de la iglesia de Kazán, sin campanario ni cúpulas, fue entregado a la comunidad de la Intercesión. El 20 de febrero de 1995, por decreto del Presidente de la Federación Rusa, el templo de Kazán fue reconocido como objeto de patrimonio cultural de importancia federal. En la década de 2000, comenzó la restauración del templo según el proyecto del arquitecto G.P. Belov: se restauraron las cúpulas y las secciones dañadas de la mampostería, y se inició la restauración del campanario. El 16 de junio de 2014, se formó una parroquia separada alrededor del templo. El 20 de julio de 2014, se celebró el primer servicio religioso en el templo, una oración ante la Icono de Kazán de la Madre de Dios. El 11 de mayo de 2015, el metropolitano de Vologda e Kirillov, Ignatius, celebró la primera Divina Liturgia en 86 años. En septiembre de 2017, se completó la instalación del iconostasio en la capilla de los santos apóstoles Jasón y Sosípatro. Las obras de restauración continúan en el templo.