Le bâtiment massif et majestueux de l'église s'élève au-dessus de toutes les constructions environnantes. Même les constructions modernes du XXe siècle n'ont pas pu l'éclipser ni diminuer son importance dans la formation du visage de la Nouvelle Place. Cependant, les croix sur le temple et le clocher ne sont réapparues que récemment.

La date exacte de la construction de la première église est inconnue, mais elle est mentionnée dès 1493. Elle apparaît à nouveau dans les sources presque un siècle plus tard, en 1585, sous forme de bois. À cette époque, son surnom « sous le frêne » est également connu, en raison du grand arbre qui poussait près de l'autel jusqu'en 1775. Au début du XIXe siècle, l'ancien bâtiment de l'église était en ruine, mais la reconstruction a été retardée en raison de la guerre patriotique de 1812. Ce n'est qu'en 1825, date qui est encore visible sur le fronton au-dessus de l'autel, que les travaux de construction ont commencé selon le projet des architectes S.P. Obitaïev et L.P. Karloni, qui ont duré 12 ans et se sont achevés en 1837.

Construit dans le style Empire, le bâtiment à deux niveaux du nouveau temple a reçu six autels, ce qui était un nombre significatif pour une église paroissiale. En haut, l'autel principal au nom de Jean Baptiste avec deux chapelles : la Découverte de la Tête de Jean le Précurseur et l'Évangéliste Luc. En bas, la chapelle centrale de la Protection de la Sainte Vierge et les chapelles latérales de Saint Nicolas le Miracle et de Mitrophane de Voronej. L'église donne sur la Nouvelle Place par sa façade est avec un autel, décoré sous la forme d'un massif portique à six colonnes avec un rustique dans la partie inférieure et sans saillies. Les façades latérales sont décorées de manière plus modeste. Une grande solennité est donnée au bâtiment par le haut dôme lumineux, orné de colonnes ioniques et surmonté d'une coupole traditionnelle pour les églises orthodoxes. Dans les années 1840, l'église a reçu un nouveau clocher, presque égal en hauteur au dôme du temple grâce à un long flèche avec une croix. Au nord et au sud du temple, des maisons de deux étages de style Empire, symétriquement disposées, avec des boutiques au rez-de-chaussée, donnent sur la Nouvelle Place : reliées à l'église par des arcs de portail avec des sommets décoratifs, elles forment un ensemble complet avec elle.

En 1925, le temple a été fermé, l'un des premiers dans la région, et a d'abord été utilisé comme archive, puis comme musée communal, qui est devenu en 1934 le Musée d'histoire et de reconstruction de Moscou. L'église a perdu sa coupole et la flèche du clocher, des planchers intermédiaires ont été ajoutés à l'intérieur, presque toute la décoration a été détruite, à l'exception de quelques fragments de plâtre. Avant le déménagement du musée dans le bâtiment des Magasins de Provisions sur le boulevard Zoubovski, l'église est restée fermée. Ce n'est qu'en 2011 que les services religieux ont repris ici, et le temple a reçu le statut d'église domestique auprès de l'Université orthodoxe russe de Jean Baptiste. Une restauration a été réalisée, au cours de laquelle les éléments perdus du temple et du clocher ont été recréés, et il est également prévu de restituer l'apparence perdue des intérieurs. Les travaux ont été réalisés dans le cadre du sous-programme « Protection d'État, préservation et promotion des objets du patrimoine culturel » du programme d'État de la ville de Moscou « Culture de Moscou pour 2012-2019 ».