El masivo y majestuoso edificio de la iglesia se eleva sobre todas las construcciones circundantes. Ni siquiera la moderna edificación del siglo XX pudo eclipsarlo ni disminuir su importancia en la formación del aspecto de la Nueva Plaza. Sin embargo, las cruces en el templo y el campanario aparecieron nuevamente solo recientemente.

La fecha exacta de la construcción de la primera iglesia es desconocida, pero ya se menciona en 1493. La siguiente vez que aparece en las fuentes es casi un siglo después, en 1585, como una iglesia de madera. En ese momento también se conoció su apodo 'bajo el álamo', por el gran árbol que crecía junto al altar hasta 1775. Para principios del siglo XIX, el antiguo edificio de la iglesia estaba en ruinas, pero la reconstrucción se pospuso debido a la Guerra Patriótica de 1812. Solo en 1825, fecha que aún es visible en el frontón sobre el altar, comenzaron los trabajos de construcción según el proyecto de los arquitectos S.P. Obitaev y L.P. Karloni, que duraron 12 años y finalizaron en 1837.

Construido en estilo imperio, el edificio de dos pisos del nuevo templo recibió seis altares, lo que era un número significativo para una iglesia parroquial. En la parte superior, el altar principal en nombre de San Juan Evangelista con dos capillas: la de la Encuentra de la Cabeza de San Juan Bautista y la del Evangelista Lucas. Abajo, la capilla central de la Protección de la Santísima Virgen María y las capillas laterales de San Nicolás el Milagroso y Mitrofán de Vorónezh. La iglesia da a la Nueva Plaza con su fachada oriental con un altar, decorado en forma de un masivo pórtico de seis columnas con rustificación en la parte inferior y sin salientes. Las fachadas laterales están decoradas de manera más modesta. La alta cúpula de luz, adornada con columnas jónicas y coronada con una cúpula tradicional para las iglesias ortodoxas, le da al edificio una solemnidad especial. En la década de 1840, la iglesia recibió un nuevo campanario, que casi igualó en altura a la cúpula del templo gracias a su alargada aguja con cruz. Al norte y al sur del templo, en la Nueva Plaza, se encuentran simétricamente dispuestos los edificios de dos pisos del clero en estilo imperio, con tiendas en la planta baja: conectados a la iglesia por arcos de entrada con remates decorativos, forman un conjunto completo con ella.

En 1925, el templo fue cerrado, siendo uno de los primeros en la zona, y se utilizó primero como archivo y luego como museo comunal, que en 1934 se convirtió en el Museo de Historia y Reconstrucción de Moscú. La iglesia perdió su cúpula y la aguja del campanario, aparecieron entrepisos en su interior, casi toda la decoración fue destruida, excepto algunos fragmentos de estuco. Hasta que el museo se trasladó al edificio de los Almacenes de Proviant en el Bulevar Zubovski, la iglesia permaneció cerrada. Solo en 2011 se reanudaron los servicios religiosos aquí, y el templo recibió el estatus de iglesia doméstica del Universidad Ortodoxa Rusa de San Juan Evangelista. Se llevó a cabo una restauración, durante la cual se recrearon los remates perdidos del templo y el campanario, y también se planea devolver la apariencia perdida a los interiores. Los trabajos se realizaron en el marco del subprograma 'Protección estatal, conservación y promoción de objetos del patrimonio cultural' del Programa Estatal de la ciudad de Moscú 'Cultura de Moscú 2012-2019'.