L'église de couleur jaune sur la Grande Ordynka semble être une œuvre d'art unique, créée à un seul moment. Cependant, cette impression est trompeuse, car elle se compose de deux parties construites à des époques différentes. À l'intérieur, on peut voir des intérieurs préservés depuis longtemps.

À l'origine, au XVIe siècle, se tenait ici une église en bois dédiée à Varlaam de Khoutyn. Au siècle suivant, une nouvelle église en bois, nommée Église de la Transfiguration du Sauveur, avec une chapelle dédiée à Varlaam, fut construite à sa place. En 1683 et 1685, elle fut remplacée par un temple en pierre du même nom. C'est ici que commença le culte de l'icône de la Sainte Vierge « Tous les affligés, joie », après que la veuve Evfimiya Akinfieva, sœur du patriarche Joakim, fut guérie après avoir prié devant cette icône. En 1713, une deuxième chapelle en l'honneur de l'icône fut consacrée dans le temple, et celui-ci commença à être appelé l'Église des Affligés.

En 1783 et 1791, la salle à manger et le clocher furent reconstruits grâce aux fonds du marchand Afanasy Dolgov, dont le domaine se trouvait en face. Les travaux furent réalisés par l'architecte Vasily Bazhenov. La partie principale du temple fut reconstruite plus tard, après l'incendie de Moscou, grâce aux fonds des frères Koumanins et des fils Dolgov. L'architecte Osip Bove construisit en 1832 et 1836 une nouvelle église en forme de rotonde. Il s'efforça de faire en sorte que son œuvre soit en harmonie avec celle de Bazhenov. Les deux parties sont réalisées dans un style et une palette de couleurs unifiés. L'intérieur appartient également à Bove, y compris le iconostase et le sol en fonte.

En 1933, les services religieux cessèrent, mais l'intérieur fut préservé, car l'église passa sous la gestion de la Galerie Tretiakov. En 1948, le temple rouvrit et ne ferma plus. Aujourd'hui, on peut admirer à la fois les façades et l'intérieur. Depuis 2010, un chœur synodal fonctionne à l'église, que l'on peut entendre lors des services et des concerts.

De juin 2012 à novembre 2013, des travaux de réparation et de restauration furent réalisés. Le bâtiment avait beaucoup souffert du temps, le toit était presque détruit, les murs étaient atteints de moisissure, et les fenêtres et les portes étaient dans un état d'urgence. Grâce aux efforts du prêtre hiéromoine Georgiy (Isakov), des paroissiens et des bienfaiteurs, l'église retrouva son apparence d'origine, avec la restauration du clocher.

En 2014, l'église devint lauréate du concours du Gouvernement de Moscou pour le meilleur projet dans le domaine de la préservation et de la promotion des objets du patrimoine culturel.