L'histoire de l'église de Don est étroitement liée à l'histoire de l'armée cosaque d'Astrakhan et du stanitsa de Kazachebugorinskaya. Les cosaques de Don sont apparus à Astrakhan en 1737, s'installant dans la ville et formant une compagnie de trois cents. En 1748, en raison de la surpopulation, leurs maisons ont été démolies, et les cosaques se sont déplacés hors de la ville, sur la colline au-delà de la rivière Lukovka, fondant un stanitsa qui s'appelait d'abord Don, puis Kazachebugorinskaya. Le déplacement final a été achevé en 1750. Les cosaques de ce stanitsa remplissaient des fonctions de facteurs, livrant le courrier d'Astrakhan à Tsaritsyn et les décrets royaux au Caucase du Nord. La même année, la compagnie de trois cents a été transformée en régiment cosaque d'Astrakhan, qui en 1804 est devenu la base de la formation de l'armée cosaque d'Astrakhan.

À l'origine, les habitants du stanitsa étaient rattachés au monastère de Pokrovo-Boldinsky, situé sur la rive opposée de la rivière Kazachiy Eryk. Cependant, les cosaques aspiraient à avoir leur propre église, et en 1757, le colonel Andreï Slobodchikov a plaidé pour la consécration d'une nouvelle église en bois au nom de la Mère de Dieu de Don. L'église a été consacrée le 19 août 1757. Le nom du temple est lié à une ancienne et vénérée copie de l'icône de la Mère de Dieu de Don, apportée par les cosaques du Don.

La principale relique du temple était l'icône de la Mère de Dieu de Don, qui se trouvait dans le chœur central. Lors de la fête patronale du 19 août, de nombreuses personnes se rassemblaient pour prier devant cette icône. À côté du temple se trouvait un cimetière d'église, où était enterré le bienfaiteur M.M. Bashkin et un monument avait été érigé à la mémoire de l'ataman I.I. Livenstern.

Dans l'église de Don, il existait une tradition de procession autour du stanitsa le deuxième jour de Pâques, empruntée au monastère de Pokrovo-Boldinsky. Après la révolution de 1917, l'église est restée entre les mains de la communauté orthodoxe, malgré les tentatives des rénovateurs de la saisir. Des prêtres tels que le père Grigori Taptykov et le père Grigori Ivanov y ont officié. En 1937-1938, lorsque les arrestations du clergé ont commencé, le père Grigori Ivanov est parti à la retraite, tandis que le père Grigori Taptykov a continué à servir. Après sa mort en 1939, les autorités ont fermé le temple et l'ont transformé en atelier de serrurerie, et peu après, l'église a été démolie.