L'église-chapelle Nicolas a été érigée à l'endroit où, dans les années 1930, l'église supérieure de Nikolskaya a été détruite, existant depuis le XVIIe siècle. Auparavant, un cimetière entourait l'église, où, selon les archéologues, étaient enterrés à la fois des habitants éminents de Nizhny Novgorod et des citoyens ordinaires. Selon la légende, ici, en face de la tour Nikolskaya du Kremlin, les corps des guerriers qui ont libéré Moscou en 1612 et sont morts de leurs blessures après la bataille ont été inhumés.

Au XXe siècle, à l'emplacement de l'église détruite, un hôtel "Moscou" a été construit, qui a ensuite brûlé. À la fin des années 1990, lors de la construction d'un nouvel hôtel, de nombreux restes humains ont été découverts et ont été remis à la garde de l'Éparchie de Nizhny Novgorod.

Le 5 novembre 2013, rue Pozharsky, en face de la tour Nikolskaya du Kremlin, un temple a été posé en mémoire de la sainte détruite en l'honneur de saint Nicolas le Miracleux, où un lieu a été prévu pour l'inhumation des restes trouvés.

Le 28 juillet 2014, le métropolite de Nizhny Novgorod et d'Arzamas, Georgy, a béni la croix de l'église-chapelle en construction, et le 24 octobre, une panikhida a été célébrée ici à l'occasion de la réinhumation des restes des Nizhny Novgorodiens trouvés à l'emplacement de l'hôtel "Moscou" sur la place Théâtrale de Nizhny Novgorod. Le 4 novembre, l'évêque de Balakhna, Iliya, et le vice-gouverneur de la région de Nizhny Novgorod, Evgeny Lyulin, ont inauguré une plaque commémorative.

Le 18 décembre, à la veille de la fête de saint Nicolas, archevêque de Myre en Lycie, le métropolite Georgy a célébré le rite de la grande consécration de l'église-chapelle en l'honneur de ce saint et a célébré la première Divine Liturgie dans l'église nouvellement consacrée.

Le bâtiment de l'église-chapelle a été construit selon des technologies traditionnelles en briques rouges avec un mortier à base de chaux. L'intérieur est décoré de fresques de style byzantin utilisant des matériaux naturels. Dans la peinture de l'église, des scènes de la vie de saint Nicolas sont représentées. Le dôme de l'église est surmonté d'une croix en forme d'ancre, symbolisant l'espoir du Royaume des Cieux, tout comme l'ancre maintient un navire sur les vagues, l'Église est un bastion inébranlable pour les croyants.