Die Nikolskaya Kapelle wurde an dem Ort errichtet, an dem in den 1930er Jahren die Nikolaus-Oberstadt-Kirche, die seit dem 17. Jahrhundert existierte, zerstört wurde. Früher befand sich um die Kirche herum ein Friedhof, auf dem laut Archäologen sowohl angesehene Bürger Nischni Nowgorods als auch einfache Stadtbewohner beigesetzt wurden. Der Legende nach wurden hier, gegenüber dem Nikolausturm des Kremls, die Körper der Krieger beigesetzt, die Moskau 1612 befreiten und nach der Schlacht an ihren Wunden starben.

Im 20. Jahrhundert wurde an der Stelle der zerstörten Kirche das Hotel "Moskau" erbaut, das später abbrannte. Ende der 1990er Jahre, während des Baus eines neuen Hotels, wurden zahlreiche menschliche Überreste entdeckt, die zur Aufbewahrung an die Nischni Nowgoroder Diözese übergeben wurden.

Am 5. November 2013 wurde in der Straße Posharskogo, gegenüber dem Nikolausturm des Kremls, zur Erinnerung an die zerstörte Heiligkeit ein Tempel zu Ehren des Heiligen Nikolaus des Wundertäters errichtet, in dem ein Platz für die Beisetzung der gefundenen Überreste vorgesehen wurde.

Am 28. Juli 2014 weihte der Metropolit von Nischni Nowgorod und Arzamas Georgij das Kreuz der im Bau befindlichen Kapelle, und am 24. Oktober fand hier eine Gedenkfeier anlässlich der Umbettung der Überreste der Nischni Nowgoroder statt, die am Standort des Hotels "Moskau" auf dem Theatralen Platz in Nischni Nowgorod gefunden wurden. Am 4. November enthüllten der Bischof von Balakhna Ilija und der stellvertretende Gouverneur der Region Nischni Nowgorod Jewgenij Ljulin eine Gedenktafel.

Am 18. Dezember, am Vorabend des Gedenktages des Heiligen Nikolaus, Erzbischof von Myra in Lykien, vollzog Metropolit Georgij die Zeremonie der großen Weihe der Kapelle zu Ehren dieses Heiligen und hielt die erste Göttliche Liturgie in der neu geweihten Kirche.

Das Gebäude der Kapelle wurde nach traditionellen Technologien aus rotem Ziegel mit Kalkmörtel errichtet. Die Innenausstattung ist mit Fresken im byzantinischen Stil unter Verwendung natürlicher Materialien geschmückt. In der Malerei der Kirche sind Szenen aus dem Leben des Heiligen Nikolaus dargestellt. Die Kuppel der Kirche krönt ein Kreuz in Ankerform, das die Hoffnung auf das Himmelreich symbolisiert; wie ein Anker ein Schiff auf den Wellen hält, so ist die Kirche ein unerschütterlicher Halt für die Gläubigen.