À 12 verstes du monastère de Théodore à Pereslavl, le long de la route Moscou-Iaroslavl en direction de Serguiev Possad, à deux verstes et demie à l'est du village de Vypolzova Sloboda, a été fondé le désert d'Alexeï. Sa fondatrice, tout comme celle du désert de Tous les Saints près de la station de Berenedeevo et du désert de la Résurrection dans le village de Novosel'e, était l'abbesse du monastère de Théodore, Evguenia. Elle a activement participé à l'acquisition des terres et a indiqué ce qu'il fallait construire et comment. Elle a également attiré des bienfaiteurs, principalement des marchands moscovites, pour soutenir le monastère de Théodore et ses « bureaux éloignés ».

La terre pour le désert d'Alexeï a été acquise grâce aux dons du marchand moscovite Vassili Glinski. L'église au nom d'Alexeï, homme de Dieu, et le clocher qui l'accompagne ont été construits grâce aux fonds de l'épouse du marchand moscovite Anna Afanassievna Anoukina.

La pose de la première pierre de l'église d'Alexeï a eu lieu le 8 juillet 1889, et la consécration a été réalisée le 28 juillet 1891 par l'archevêque de Vladimir, Feognost. L'église était équipée d'icônes de haute qualité, de vaisselle liturgique, de vêtements liturgiques et de livres de service. Le chauffage dans le temple était spirituel. Le désert était entouré d'une clôture en pierre. À l'intérieur, un bâtiment en bois à deux étages a été construit pour les moines, un bâtiment en pierre à deux étages pour les moniales et les novices, ainsi qu'une étable en pierre. Il y avait aussi une maison en bois, où d'un côté vivaient les novices, et de l'autre se trouvait une école paroissiale pour garçons et filles.

Un prêtre était attaché au désert pour célébrer les offices. Pour lui, une maison en bois avec des bâtiments annexes a été construite en dehors de la clôture. En plus de l'approvisionnement en nourriture, le prêtre recevait des intérêts d'un capital de 10 000 roubles.

Dans les années 1920, le désert a été fermé et détruit. Dans les années 1980, il ne restait qu'une partie des murs de la réfectoire en pierre, et des murs nus pour le bâtiment des cellules.

En 1991, l'église d'Alexeï a été restituée aux croyants. Sous la direction du prêtre Alexeï Vasilenko, des travaux de restauration ont été effectués : une église de baptême a été construite, une école paroissiale avec un musée et une bibliothèque a été ouverte dans le bâtiment des cellules restauré. Le clocher temporaire en bois a été remplacé par le clocher restauré.