Le bâtiment du Théâtre anatomique était l'une des premières constructions réalisées pour les Cours supérieurs de femmes de Moscou (MVZhK), qui, dans la seconde moitié du XIXe siècle, offraient aux femmes la seule possibilité d'obtenir un enseignement supérieur. Cependant, ce n'est qu'en 1915-1916 que les cours ont obtenu le droit de passer des examens de fin d'études et de délivrer des diplômes d'enseignement supérieur.

Les cours, dirigés par le professeur V.I. Gerye, ont commencé leurs activités le 1er novembre 1872 et étaient initialement situés sur Volkhonka dans la première école masculine. Les bâtiments propres aux MVZhK n'ont été construits qu'après l'approbation en 1906 du Statut, qui a introduit une structure facultaire : faculté d'histoire et de philologie, faculté de physique et de mathématiques, et faculté de médecine. La Douma municipale de Moscou a attribué un terrain, et le 3 juin 1907, la pose des bâtiments scolaires a commencé sur la rue Malaïa Tsaritsynskaïa (aujourd'hui rue Malaïa Pirogovskaïa). Entre 1907 et 1908, le bâtiment de physique et de chimie (aujourd'hui Académie de technologie chimique fine de Moscou) et le Théâtre anatomique (aujourd'hui Université d'État de médecine de Russie N.I. Pirogov et morgue médico-légale n° 2) ont été construits. La construction du Théâtre anatomique a été dirigée par l'architecte moscovite célèbre Sergeï Ustinovitch Soloviev. Des conférences publiques sur l'anatomie et la médecine légale avec des dissections démonstratives y étaient organisées.

À l'origine, le bâtiment comportait trois étages et se composait d'un volume cylindrique principal avec une petite construction rectangulaire ajoutée. Au centre de la partie cylindrique se trouvait l'auditorium, tandis que dans d'autres pièces, il y avait des salles de section, un morgue, une bibliothèque et des bureaux pour la recherche et l'enseignement.

Au fil des ans, le Théâtre anatomique a été plusieurs fois rénové et agrandi. À l'époque soviétique, une annexe a été ajoutée au vieux bâtiment avec une rotonde donnant sur la ruelle Kholzunov (anciennement rue Troubetskoï), bien visible depuis la cour. Sur le porche, on peut voir les chiffres de l'année d'achèvement de cette construction, "MSMXXXXVI", dont l'auteur était l'architecte N.I. Tranquillitski. Dans les années 1990, un morgue et une échoppe de beignets coexistaient ici, ce qui a donné lieu à de nombreuses blagues.

La nécessité d'agrandir le bâtiment a été provoquée par l'augmentation du nombre de départements de la faculté de médecine, ce qui nécessitait des locaux supplémentaires pour le processus éducatif. Cependant, sur la façade du bâtiment, on peut encore distinguer l'ancienne inscription avec les lettres «i» et «ъ», «Théâtre anatomique».

Le Théâtre anatomique est un objet de patrimoine culturel identifié.