Das Gebäude des Anatomischen Theaters war eines der ersten Bauwerke, die für die Moskauer Höheren Frauenkurse (MHFK) errichtet wurden, die in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts Frauen die einzige Möglichkeit boten, eine Hochschulausbildung zu erhalten. Doch erst im Studienjahr 1915-1916 erhielten die Kurse das Recht, Abschlussprüfungen abzuhalten und Diplome für Hochschulbildung auszustellen.

Die von Professor W.I. Gerje geleiteten Kurse nahmen am 1. November 1872 ihre Arbeit auf und befanden sich zunächst in der 1. männlichen Gymnasium an der Wolchonka. Die eigenen Gebäude der MHFK entstanden erst nach der Genehmigung der Satzung im Jahr 1906, die eine fakultative Struktur einführte: historisch-philologische, physikalisch-mathematische und medizinische Fakultäten. Die Moskauer Stadtverordnetenversammlung stellte ein Grundstück zur Verfügung, und am 3. Juni 1907 begann der Bau der Unterrichtsgebäude in der Malaya Tsaritsynskaya (heute Malaya Pirogovskaya) Straße. In den Jahren 1907-1908 wurden das physikalisch-chemische Gebäude (heute Moskauer Akademie für feine chemische Technologie) und das Anatomische Theater (heute Russische Staatliche Medizinische Universität N.I. Pirogova und forensische Pathologie Nr. 2) erbaut. Der Bau des Anatomischen Theaters wurde von dem bekannten Moskauer Architekten Sergei Ustinovich Solovyov geleitet. Hier fanden öffentliche Vorlesungen über Anatomie und forensische Medizin mit Demonstrationsautopsien statt.

Ursprünglich hatte das Gebäude drei Etagen und bestand aus einem Hauptzylinder mit einem angebauten kleinen rechteckigen Bau. Im Zentrum des zylindrischen Teils befand sich der Hörsaal, während in anderen Räumen Sektionen, ein Leichenschauhaus, eine Bibliothek und Büros für Forschung und Lehre untergebracht waren.

In den folgenden Jahren wurde das Anatomische Theater mehrfach umgebaut und erweitert. In der Sowjetzeit wurde an das alte Gebäude mit der Rotunde, die in die Cholzunov (ehemals Trubetskoy) Gasse mündete, ein Anbau hinzugefügt, der vom Hof aus gut sichtbar war. An der Portikus kann man die Jahreszahl des Abschlusses dieses Bauwerks, „МСМХХХVI“, sehen, dessen Autor der Architekt N.I. Tranquillitsky war. In den 1990er Jahren gab es hier Nachbarschaft zwischen dem Leichenschauhaus und einer Tscheburek-Bude, was Anlass zu vielen Witzen gab.

Die Notwendigkeit zur Erweiterung des Gebäudes ergab sich aus der Zunahme der Lehrstühle der medizinischen Fakultät, was zusätzliche Räumlichkeiten für den Unterricht erforderte. Doch an der Fassade des Gebäudes kann man bis heute die alte Inschrift mit den Buchstaben „i“ und „ъ“, „Анатомическiй театръ“, erkennen.

Das Anatomische Theater ist ein identifiziertes Objekt des kulturellen Erbes.