La Sainte Église Alexeïevska à Harbin a été fondée en 1912, lorsque son bâtiment en bois a été déplacé du village d'Alexeïevka vers le quartier de Modyagou. Avant cela, en 1908, l'église avait été déplacée à Alexeïevka depuis la ville de Korpusny. Elle était rattachée à la cathédrale Nicolas, et les premiers services étaient célébrés par le prêtre Ilia Arkhangelski, envoyé de la cathédrale.

Au printemps 1913, une cloche a été ajoutée à l'église. Selon le décret du Saint-Synode du 23 mars 1917, une paroisse autonome a été créée à Modyagou. Le prêtre Ilia Arkhangelski, ne souhaitant pas quitter son service à la cathédrale, a combiné ses fonctions avec celles de recteur de la paroisse Alexeïevska jusqu'en février 1918. En février 1918, le prêtre Piotr Antonov est devenu recteur, et en 1924, il a été remplacé par le protodiacre Piotr Rojdestvenski. La paroisse de Modyagou était considérée comme l'une des plus peuplées.

En septembre 1930, la construction d'une nouvelle église en pierre a commencé à l'intersection des rues Tserkovnaya et Skobeleva. Le projet était dirigé par l'ingénieur célèbre Mikhaïl Vassilievitch Karbyshev, et l'architecte I. V. Smirnov, bien qu'il soit citoyen de l'URSS et n'ait pas le droit de participer à la construction cultuelle, a activement aidé. La consécration de l'église a eu lieu le 6 octobre 1935.

L'église avait trois autels : le principal autel en l'honneur du saint Alexeï, métropolite de Moscou, le chœur droit en l'honneur du saint Innocent, métropolite d'Irkoutsk, et le chœur gauche, dédié à l'icône de la Très Sainte Mère de Dieu « Joie de tous les affligés ».

L'église a été fermée en 1956. Grâce aux diplômés des écoles de la KVGJ, une partie importante des objets liturgiques a été transportée à San Francisco et est maintenant conservée dans la cathédrale de la Compassion. Le recteur de l'église, le protodiacre Stefan, a subi un martyre. Le bâtiment de l'église a été reconstruit en cantine et en entrepôt.

En 1980, l'église a été rénovée et remise à une association patriotique de catholiques chinois.

À proximité de l'église, une zone de loisirs a été créée avec des aménagements modernes, dont le design est inspiré du style artistique de l'église Alexeïevska.