La iglesia Santo-Alekseevskaya en Harbin fue fundada en 1912, cuando su edificio de madera fue trasladado de la aldea Alekseevka al distrito de Modyagou. Antes de esto, en 1908, la iglesia fue movida a Alekseevka desde la ciudad de Korpushny. Estaba adscrita a la catedral de Nikolsky, y los primeros servicios fueron oficiados por el sacerdote Ilya Arkhangelsky, enviado desde la catedral.

En la primavera de 1913, la iglesia recibió un campanario. Según el decreto del Santo Sínodo del 23 de marzo de 1917, se formó una parroquia independiente en Modyagou. El sacerdote Ilya Arkhangelsky, sin querer dejar su servicio en la catedral, combinó sus funciones con las de rector de la parroquia Alekseevskaya hasta febrero de 1918. En febrero de 1918, el sacerdote Petr Antonov se convirtió en rector, y en 1924 fue sucedido por el protoierey Petr Rozhdestvensky. La parroquia en Modyagou era considerada una de las más concurridas.

En septiembre de 1930, comenzó la construcción de un nuevo templo de piedra en la intersección de las calles Tserkovnaya y Skobelevskaya. El proyecto fue dirigido por el conocido ingeniero Mikhail Vasilyevich Karbyshev, y el arquitecto Yu. V. Smirnov, aunque era ciudadano de la URSS y no tenía derecho a participar en la construcción religiosa, ayudó activamente. La consagración del templo tuvo lugar el 6 de octubre de 1935.

La iglesia tenía tres altares: el altar principal en honor al santo metropolitano Alexis de Moscú, el altar derecho en honor al santo metropolitano Innocente de Irkutsk y el izquierdo, dedicado a la icono de la Santísima Virgen María "Alegría de todos los afligidos".

La iglesia cerró en 1956. Gracias a los graduados de las escuelas de la KVVZhD, una parte significativa de los utensilios de la iglesia fue trasladada a San Francisco y ahora se conserva en la catedral de Skorbyashchensk. El rector del templo, el protoierey Stefan, sufrió una muerte martirial. El edificio de la iglesia fue remodelado para ser utilizado como comedor y almacén.

En 1980, el templo fue renovado y entregado a la asociación patriótica de católicos chinos.

Junto a la iglesia se ha creado una zona de descanso con modernas instalaciones, cuyo diseño está inspirado en el estilo artístico de la iglesia Alekseevskaya.