L'usine de distillation d'Alexandre, sur le site de laquelle fut plus tard construite la célèbre prison, est mentionnée dès la seconde moitié du XVIIIe siècle. En 1774, le voyageur allemand Johann Georgi écrivait à propos de cet endroit. Peu après, l'usine fut placée sous gestion d'État, et une prison de travaux forcés fut organisée sur son territoire, tout en maintenant la production.

L'usine a abrité des participants aux soulèvements polonais de 1830 et 1856. À partir de 1873, des criminels condamnés des provinces européennes de l'Empire russe y furent envoyés. Beaucoup d'entre eux, après avoir purgé leur peine, restaient vivre près de la prison, ce qui a conduit à la formation du village d'Alexandrovskoye, qui existe encore aujourd'hui.

En plus de la prison centrale de travaux forcés, une prison centrale de transit d'Alexandre a été en activité depuis 1889. Elle servait à la détention temporaire des exilés envoyés dans la province d'Irkoutsk, ainsi que dans les régions de Yakoutie et de Transbaïkalie.

Selon le règlement de la prison de transit d'Alexandre, les exilés envoyés dans la province d'Irkoutsk, à l'exception du district de Kirensk, étaient expédiés de la prison toute l'année. Ceux qui se dirigeaient vers le district de Kirensk et la région de Yakoutie étaient envoyés pendant la navigation estivale sur la Léna, tandis que les condamnés de 1er et 2e degré, dirigés vers la région de Transbaïkalie, étaient expédiés pendant la navigation estivale et hivernale sur le Baïkal.

Plus tard, la prison est devenue un lieu de détention pour des prisonniers politiques, surtout après la révolution avortée de 1905, lorsque de nombreux anciens soldats et marins, condamnés pour des mutineries, y furent envoyés. Parmi les détenus se trouvaient de futurs acteurs de l'État bolchevique : F. Dzerjinski (1902), M. Frunze (1914), S. Ordjonikidze (1915-16) et d'autres. Après la révolution de Février, tous les prisonniers politiques furent libérés.

Sous le régime soviétique, le territoire continua d'être utilisé comme prison, et plus tard, des bâtiments furent transformés en hôpital psychiatrique. Actuellement, les bâtiments de l'ancien centre sont abandonnés et se détériorent. En 2017, un groupe d'enthousiastes et d'historiens a commencé à travailler à la création d'un complexe muséal sur ce site.