En enero de 2010 se completó la construcción y la consagración de la nueva iglesia de San Nicolás, junto a la Catedral en honor de la Anunciación de la Santísima Virgen. Fue erigida en honor a la iglesia de madera de San Nicolás, que fue el primer edificio de Blagoveshchensk y se construyó en 1857.

A mediados del siglo XIX, la región del Amur se incorporó a la diócesis de Kamchatka, y Blagoveshchensk se convirtió en el centro de la vida espiritual de todo el Lejano Oriente. En la nueva ciudad comenzaron a construirse iglesias, primero de madera y luego de piedra. La primera iglesia fue dedicada al Santo Nicolás, el Milagroso de Mirliquia. Este primer templo de Blagoveshchensk, que también se convirtió en la primera casa de la ciudad, fue erigido en una colina por iniciativa del sacerdote Alexander Sizyy. Él lo construyó junto con soldados del batallón de línea en una noche, y al día siguiente la iglesia fue consagrada.

Esto ocurrió en 1857. La capilla fue construida con troncos, en los que se guardaban en invierno los cuerpos de los cosacos fallecidos del puesto de Ust-Zeya. Un año después, se añadió una extensión a la capilla, y otro año después se completó la construcción del campanario. Hasta 1864, la iglesia de San Nicolás también cumplió funciones de Catedral, hasta que se construyó y consagró una nueva catedral.