La Catedral de Santa María Magdalena, que es la catedral de la diócesis hispano-portuguesa de la Iglesia Ortodoxa Rusa, se encuentra en Madrid.

En 1761, en Madrid, bajo el enviado ruso Petr Repnin, se creó la primera iglesia doméstica dedicada a la santa igual a los apóstoles María Magdalena. Esta iglesia cambió de ubicación varias veces junto con la embajada. En 1882 fue cerrada debido a la reducción de gastos estatales, y el iconostasio y los utensilios fueron trasladados a Buenos Aires.

En 2002 se estableció en Madrid una parroquia del Patriarcado de Moscú en honor al Nacimiento de Cristo, que alquiló las instalaciones de un antiguo taller de muebles.

Se discutió durante mucho tiempo la construcción de un templo permanente, pero se logró un progreso significativo en marzo de 2009 tras la visita a España del Presidente de Rusia Dmitry Medvedev. El 1 de marzo de 2009, su esposa Svetlana Medvedeva visitó la parroquia rusa, y al día siguiente el alcalde de Madrid, Alberto Ruiz-Gallardón, prometió ceder un terreno para la construcción de la iglesia de la Iglesia Ortodoxa Rusa.

En España se registró el Fondo de Navidad, encabezado por el sacerdote Andrey Kordochkin. En el Consejo de Administración se incluyeron el arzobispo de Egoryevsk Mark (Golovkov) y Maria Vladimirovna Romanova, residente en Madrid.

El 9 de julio de 2010, gracias a los esfuerzos de la Embajada de Rusia en Madrid y personalmente del embajador Alexander Kuznetsov, se firmó un acuerdo para la cesión de un terreno para la construcción de la iglesia. El terreno de 756 m² se encuentra en una zona prestigiosa, cerca de la estación de metro Pinar del Rey. El proyecto de la iglesia fue desarrollado por el arquitecto moscovita A. R. Vorontsov y el arquitecto español Jesús San Vicente.

El 5 de octubre de 2011 se obtuvo el permiso de construcción, y la consagración de la piedra angular se planeó para principios de diciembre de 2011 como parte del cierre del Año de Rusia en España.

El 6 de diciembre de 2011, el arzobispo de Egoryevsk Mark (Golovkov) y el obispo de Korsun Nestor (Sirotenko), en presencia de Svetlana Medvedeva, consagraron la piedra angular del futuro templo.

El edificio fue construido en estilo neorruso con cinco cúpulas doradas, simbolizando a Cristo y a los cuatro evangelistas. El complejo también incluye un edificio para residencia y un centro cultural "Casa Rusa".

El 19 de mayo de 2013, en la semana de las santas mujeres miróforas, el obispo de Korsun Nestor (Sirotenko) realizó una pequeña consagración y la primera Liturgia arciprestal. Los feligreses de la iglesia incluyen rusos, ucranianos, georgianos, moldavos y españoles que residen en Madrid.

En septiembre de 2014, la embajada de Rusia en España y la iglesia de Santa María Magdalena recolectaron alrededor de 700 kilogramos de ropa para los refugiados que llegaron a Rusia debido al conflicto en el este de Ucrania.

El 18 de enero de 2019, el arzobispo Nestor firmó un decreto otorgando a la iglesia de Santa María Magdalena el estatus de catedral de la diócesis.