Después del cierre de las catedrales de la Asunción y de San Vladímir, la catedral principal de Astracán asumió el papel de la catedral de la Intercesión, situada en la parte norte de la ciudad, al otro lado del río Kutum. En el siglo XIX, este territorio se consideraba un profundo suburbio, donde se establecieron campesinos estatales obligados a cultivar en los salitrales de la estepa de Boldino. La completa explotación y construcción de la zona comenzó solo después de un fuerte incendio en 1858, cuando la parte de Zakutum tuvo que ser reconstruida desde cero. Aquí se trasladaron numerosos toneleros, carretilleros y herreros. Las viejas iglesias se volvieron pequeñas para la creciente población local, y quedó claro que en el centro de la aldea, como se llamaba entonces esta zona, se necesitaba una nueva gran iglesia. El iniciador de la construcción de la catedral fue el conocido comerciante astracanio Iván Ivánovich Gubin, quien asumió la mayor parte de los gastos, que ascendieron a casi 95 mil rublos. En agradecimiento por su contribución y ayuda en la mejora del templo, Gubin fue elegido por vida como anciano de la iglesia.

El templo, construido de ladrillo rojo, está realizado en un estilo ecléctico con una arquitectura original y sutiles motivos orientales, lo que le da un color local. La gran cúpula decorativa del tambor de luz está actualmente dorada, lo que corresponde a los gustos modernos, mientras que antes era gris y armonizaba con el ladrillo rojo del edificio. El campanario con su cúpula piramidal, que tras la restauración se volvió inexplicablemente azul, no armoniza con la parte dorada de la catedral. Se debería ser más cuidadoso al elegir los colores. Estas actualizaciones de la apariencia exterior se realizaron en la catedral de la Intercesión para el 450 aniversario de la ciudad, y la reconstrucción tuvo un carácter más bien cosmético.

La catedral de la Intercesión tuvo más suerte que muchas otras iglesias astracanas. No fue capturada por los renovadores, aquí sirvió y fue enterrado el arzobispo Filipp Stavitcky, conocido luchador contra el renovacionismo, quien en la época soviética no escapó de la prisión y el exilio. La iglesia estuvo cerrada solo durante 9 meses en 1941, y su decoración interior permaneció intacta: se conservaron las pinturas, el iconostasio, las reliquias, la antigua icono de la Intercesión de la Santísima Virgen y un relicario con una parte de la Santa Cruz del Señor. Durante este tiempo, el edificio se utilizó como almacén de azúcar. En 1942, las oraciones volvieron a sonar en el templo.