La primera iglesia en la aldea de Tres Santos fue fundada en honor a la festividad de la Intercesión de la Madre de Dios y fue consagrada en ese día. El zar Iván IV, al enterarse de la nueva aldea, envió allí un ícono de los Tres Santos, que se colocó en la única iglesia de ese momento, la de la Intercesión de la Santísima Virgen en Elabuga. Originalmente, era una construcción de madera, junto a la cual había una capilla en honor al Profeta Elías. El padre Pedro Kuliginski, basándose en los recuerdos de su padre, el protoiereo Nikita, quien sirvió en esta iglesia durante cinco años, dejó una descripción de su estructura. La iglesia de madera estaba a la izquierda de la actual, era grande y alta, con dos filas de pequeñas ventanas protegidas por rejas de hierro. En el techo había diez cúpulas cubiertas de hierro blanco. Desde el lado oeste, un gran porche sostenido por columnas conducía a las puertas del norte. En el interior, a lo largo de las paredes y en el centro, se instalaron bancos.

Con el tiempo, la iglesia y la capilla se deterioraron e incluso se incendiaron, por lo que en 1813 se decidió construir una iglesia de piedra, la tercera desde la fundación de la iglesia de la Intercesión. En Elabuga, en ese momento, la producción de ladrillos estaba en pleno desarrollo, y la calidad del ladrillo era alta gracias a la abundancia de arcilla. La construcción se realizaba solo en verano para garantizar la calidad. En 1820, con donaciones de los feligreses, comenzó la construcción de la iglesia de piedra en honor a la Intercesión de la Santísima Virgen con las capillas del Profeta Elías y de los Tres Santos. En el libro de colectas, emitido para la construcción en 1776, se indica que fue emitido por la Administración Espiritual de Elabuga para registrar donaciones voluntarias.

En 1988, con motivo del milenario del Bautismo de Rusia, el protoiereo Serguéi Lepijín fue nombrado rector en Elabuga. Se prometió devolver la catedral de la Intercesión a la comunidad ortodoxa ya en enero de 1988, y durante la celebración en Kazán se anunció como un hecho consumado. Sin embargo, en la práctica, todo resultó ser más complicado.

El consejo parroquial tuvo que dirigirse en varias ocasiones al Consejo de Asuntos Religiosos del Consejo de Ministros de Tatarstán y a su vice, Yuri Vasílievich Mijáilov, así como viajar dos veces a Moscú al Ministerio de Cultura. Solo en diciembre de 1988 se obtuvieron todos los documentos necesarios. Hasta entonces, los feligreses participaron activamente en jornadas de trabajo, restaurando el templo. Personas de 70 a 80 años trabajaron durante horas, realizando trabajos pesados con una energía sorprendente. Por ejemplo, Yakov Ivanovich Kobeleva, a pesar de su avanzada edad, en veinte días casi por su cuenta colocó el revestimiento del suelo con viejas baldosas. Finalmente, el 2 de octubre de 1988 se celebró el primer servicio en la catedral de la Intercesión después de un largo intervalo. Se obtuvo permiso para ello en el comité de la ciudad, y el servicio fue presidido por el archimandrita Anastasio, actualmente el obispo gobernante.