Magdala se considera el lugar donde nació la santa María, discípula de Cristo y portadora de mirra. El refugio se encuentra en Galilea, en la costa occidental del lago Tiberíades, en la zona del monte Arbel.

En el terreno del refugio hay un gran jardín con árboles de pomelos y fuentes naturales con agua curativa: una fuente de radón caliente, la "Fuente de los Ojos" y una fuente donde, según la tradición, Jesucristo sanó a María Magdalena.

El lugar de nacimiento de María Magdalena se convirtió en un objeto de peregrinación ya en la Edad Media, comenzando con el Imperio Bizantino. Aquí se construyó una iglesia, que más tarde fue destruida, presumiblemente, por sarracenos. Durante las cruzadas, la iglesia fue restaurada, como menciona el igumen ruso Daniel.

En 1908, el archimandrita Leonid (Sentsov) adquirió un gran terreno en la costa del mar de Galilea con la fuente de Santa María Magdalena. El archimandrita Leonid señalaba que "cerca de Tiberíades se ha adquirido nuevamente un gran terreno en la orilla del lago Tiberíades con fuentes minerales, donde se está plantando un huerto de naranjas y se planea construir un templo y un albergue para los fieles. Este lugar representa un maravilloso oasis en las costas desérticas del lago".

La Primera Guerra Mundial impidió la construcción de un templo en nombre de Santa María Magdalena. En el terreno de Magdala, en una de las casas, se organizó una capilla temporal. En los difíciles años posrevolucionarios para la Misión Espiritual Rusa, parte de la tierra y la casa se alquilaban. Tras la formación del Estado de Israel, el objeto pasó a estar bajo la administración de la Misión Espiritual Rusa del Patriarcado de Moscú, y el jardín de Magdala fue renovado.

En 1962, bajo el liderazgo del archimandrita Nikodim (Rotov), se construyó en el terreno una pequeña iglesia en nombre de Santa María Magdalena. En 1996, se llevó a cabo una restauración exterior e interior en el templo. Para la Pascua de 1997, las paredes interiores del templo fueron decoradas con frescos en estilo bizantino sobre temas evangélicos por el artista moscovita Yaroslav Dobrynin, relacionados con el mar de Galilea. También se instaló un nuevo iconostasio de madera en el templo.

En junio de 1997, el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio II, colocó aquí la primera piedra de la "Casa para Peregrinos", que fue construida para el 2000 aniversario del cristianismo. Un pequeño hotel para peregrinos sigue funcionando hoy en día. En 1998, gracias a los esfuerzos del archimandrita Feodosiy (Vasnev), se construyó en el terreno de Magdala una nueva casa para recibir peregrinos.

El refugio es un lugar cerrado, y solo se puede visitar con bendición y previo acuerdo. Esto se hace para proteger la vida tranquila del refugio de mirones, ya que está ubicado junto a la carretera por la que pasan numerosos tours turísticos.