El hospital de Moscú, que ahora es conocido como el Hospital Militar Clínico Principal N.N. Burdenko, fue fundado en Lefortovo por orden de Pedro I en 1706. En ese mismo año se abrió en el hospital la primera escuela médico-quirúrgica de Rusia, dirigida por el médico personal de Pedro I, el graduado de la Universidad de Leiden, Nicolás Bidloo.

Inicialmente, el hospital consistía en un edificio de piedra de estilo holandés con la iglesia de la Resurrección de Cristo y treinta estructuras de madera a orillas del río Yauza. Entre ellas se encontraban un teatro anatómico, la sala del alquimista, una farmacia, habitaciones para estudiantes y enfermos. Cerca había un jardín botánico con plantas medicinales. El edificio principal estaba adornado con una cúpula octogonal de madera con una estatua tallada y dorada de la Misericordia. En la época de Pedro, el hospital incluso tenía un teatro, donde los alumnos de la Escuela Médico-Quirúrgica representaban las primeras obras de teatro rusas e intermedios.

A finales de la década de 1750, el arquitecto D. Ujdomski reconstruyó y amplió el complejo, añadiendo un edificio de dos pisos de piedra para el cuerpo eclesiástico. En mayo de 1756, en este edificio se abrió por primera vez en Rusia un departamento para enfermos mentales.

Bajo Catalina II, el hospital cayó en decadencia. En 1763, un incendio destruyó la mitad derecha del edificio principal y la iglesia. Los edificios estaban en tan mal estado que en 1764 se propuso desmantelarlos y trasladar el hospital a otro lugar. Sin embargo, el personal del hospital logró mantenerlo en su lugar original.

Bajo Pablo I, se aprobó un proyecto para nuevos edificios de piedra, diseñado por el arquitecto moscovita I. Egotov. En 1797 y 1802 se construyó el edificio principal del hospital, que ha mantenido su apariencia hasta nuestros días. En noviembre de 1801, el altar de la iglesia más antigua del hospital fue reconsagrado en nombre de los apóstoles Pedro y Pablo.

El hospital es un conjunto de la época del imperio, uno de los pocos que sobrevivieron al incendio de Moscú de 1812. Parte de los edificios de madera fue restaurada en piedra en 1818 y 1830. También se reconstruyó una capilla de ladrillo para la sepultura de los fallecidos, que se ha mantenido hasta nuestros días.

En 1823, Alejandro I, al visitar el hospital, ordenó conectar los edificios mediante pasajes, aumentando la capacidad a 1800 lugares. Después de esto, la apariencia arquitectónica del hospital prácticamente no cambió, solo después de la Guerra Ruso-Turca de 1877-1878 se consagró un altar adicional en el edificio principal en nombre de la Madre de Dios de Todos los que Sufren. En 1917, uno de los departamentos del hospital fue trasladado a la iglesia.

En 1946, el hospital recibió el nombre del académico N.N. Burdenko, fundador de la neurocirugía nacional. Durante la construcción de nuevos edificios en las décadas de 1930 y 1990, se mantuvo el conjunto clásico. Todos los edificios de los siglos XVIII-XIX tienen el estatus de objetos de patrimonio cultural de importancia federal.