Das Moskauer Krankenhaus, das heute als Hauptmilitärklinikum N.N. Burdenko bekannt ist, wurde 1706 auf Befehl von Peter I in Lefortowo gegründet. Gleichzeitig wurde an dem Krankenhaus die erste medizinisch-chirurgische Schule in Russland eröffnet, die von Peters I. persönlichem Arzt, dem Absolventen der Universität Leiden, Nikolaus Bidloo, geleitet wurde.

Ursprünglich bestand das Krankenhaus aus einem einzigen steinernen Gebäude im holländischen Stil mit der Kirche der Auferstehung Christi und dreißig hölzernen Gebäuden am Ufer der Jausa. Dazu gehörten ein anatomisches Theater, ein Alchemistenzimmer, eine Apotheke, Räume für Studenten und Kranke. In der Nähe befand sich ein botanischer Garten mit Heilpflanzen. Das Hauptgebäude war mit einer achteckigen Holzkuppel mit einer geschnitzten vergoldeten Statue der Barmherzigkeit geschmückt. In der Peterszeit gab es im Krankenhaus sogar ein Theater, in dem die Schüler der medizinisch-chirurgischen Schule die ersten russischen Stücke und Intermedien aufführten.

Bis Ende der 1750er Jahre baute der Architekt D. Uchtomski den Komplex um und erweiterte ihn, indem er ein zweigeschossiges Steingebäude des Kirchenkorps hinzufügte. Im Mai 1756 wurde in diesem Gebäude erstmals in Russland eine Abteilung für psychisch Kranke eröffnet.

Unter Katharina II. geriet das Krankenhaus in Verfall. 1763 zerstörte ein Feuer die rechte Hälfte des Hauptgebäudes und die Kirche. Die Gebäude waren in so schlechtem Zustand, dass man 1764 plante, sie abzureißen und das Krankenhaus an einen anderen Ort zu verlegen. Doch das Team des Krankenhauses konnte es an seinem bisherigen Standort erhalten.

Unter Paul I. wurde ein Projekt für neue Steingebäude genehmigt, das vom Moskauer Architekten I. Jegotow entworfen wurde. 1797 und 1802 wurde das Hauptgebäude des Krankenhauses errichtet, das sein Aussehen bis heute bewahrt hat. Im November 1801 wurde der Altar der ältesten Kirche des Krankenhauses im Namen der Apostel Peter und Paul neu geweiht.

Das Krankenhaus stellt ein Ensemble der Empire-Epoche dar, eines der wenigen, die nach dem Brand von Moskau 1812 überlebt haben. Ein Teil der hölzernen Gebäude wurde 1818 und 1830 in Stein wiederhergestellt. Auch eine neu gebaute Ziegelkapelle für die Beerdigung der Verstorbenen ist bis heute erhalten geblieben.

1823 ordnete Alexander I. bei seinem Besuch im Krankenhaus an, die Gebäude durch Übergänge zu verbinden, wodurch die Anzahl der Plätze auf 1800 erhöht wurde. Danach änderte sich das architektonische Erscheinungsbild des Krankenhauses praktisch nicht mehr, nur nach dem Russisch-Türkischen Krieg 1877-1878 wurde im Hauptgebäude ein zusätzlicher Kirchenraum im Namen der Gottesmutter aller Trauernden Freude geweiht. 1917 wurde eine der Abteilungen des Krankenhauses in die Kirche verlegt.

1946 erhielt das Krankenhaus den Namen des Akademikers N.N. Burdenko, des Pioniers der einheimischen Neurochirurgie. Beim Bau neuer Gebäude in den 1930er und 1990er Jahren wurde das klassische Ensemble bewahrt. Alle Gebäude aus dem 18. und 19. Jahrhundert haben den Status von Objekten des kulturellen Erbes von föderaler Bedeutung.