La historia del Museo Estatal de Arte de Krasnoyarsk V. I. Surikov comienza en 1921, cuando en una reunión del Presidium del Comité Ejecutivo del Territorio de Yeniséi se tomó la decisión de organizar una galería de arte en la ciudad. Aunque esta decisión no se llevó a cabo, se creó un departamento de arte y antigüedades artísticas en base a la colección de obras de arte reunidas en el Museo Municipal (hoy Museo Local de Krasnoyarsk) desde finales del siglo XIX.

Muchos de los exposiciones provinieron de colecciones privadas, incluyendo obras de artistas como M. F. Kvadalya, F. A. Vasilyev, K. H. Reykhel y G. I. Gurkin. Entre los donantes del museo se encontraban representantes de conocidas familias de Krasnoyarsk: Matveev, Surikov, Yudin y Gadalov.

Una parte significativa de la colección estaba compuesta por obras reunidas por el industrial del oro y amante del arte P. I. Kuznetsov, quien apoyó a V. I. Surikov durante sus estudios en la Academia de Bellas Artes.

Para 1922, el departamento contaba con alrededor de 209 obras de arte. La colección se fue ampliando a través del Fondo Estatal de Museos. En 1929, el Museo Ruso Estatal envió obras de M. K. Bashkirtseva, S. Y. Zhukovsky, V. E. Makovsky, M. V. Nesterov, I. E. Repin y otros. El museo recibió apoyo del Ministerio de Cultura de la URSS y de la RSFSR, así como de los principales museos del país, gracias a lo cual la colección incluyó obras de I. I. Brodsky, A. M. Gerasimov, N. N. Dubovsky, K. A. Korovin y V. D. Polenov.

El 31 de mayo de 1957, en respuesta a una resolución del Comité Regional del PCUS y del Ejecutivo del Consejo Regional, se emitió una orden del Consejo de Ministros de la RSFSR para abrir un museo separado basado en las colecciones artísticas del Museo Local de Krasnoyarsk, la Galería de Arte de Krasnoyarsk. La galería se inauguró el 1 de mayo de 1958 en un edificio residencial en el número 68 de la avenida de la prensa "Krasnoyarsk Rabochy". Su colección contaba con 300 obras de arte ruso de antes de la revolución y parcialmente de arte extranjero.

En los primeros años, la galería se desarrolló activamente, y se planeaba obtener un nuevo edificio en el centro de la ciudad. Un papel importante en esto lo desempeñó el primer director Alexander Davydovich Spevakovsky. La colección se enriqueció con obras del Museo Histórico Estatal y del Museo Estatal de Bellas Artes A. S. Pushkin, así como de colecciones privadas. Desde 1983, la galería obtuvo el estatus de museo.

Hoy en día, el museo cuenta con tres espacios en diferentes partes de la ciudad. En 1982, recibió un edificio en el centro histórico de Krasnoyarsk, donde ahora se encuentra el departamento de arte de los siglos XX y XXI. En 1983, en la mansión de Vera Gadalova se instaló la exposición de arte del siglo XVIII y principios del XX. En el edificio histórico del museo se presenta el arte decorativo y aplicado.

Desafortunadamente, debido a la falta de espacio de exposición, la mayor parte de la colección no se exhibe. Muchas obras solo se pueden ver en exposiciones raras, y algunas nunca han sido exhibidas.

En 1985, se decidió transferir al museo el edificio de la antigua Seminario Teológico de Krasnoyarsk, pero esta decisión no se llevó a cabo, y el edificio fue entregado a la metropolia de Krasnoyarsk.

En 1993, se abrió un taller de restauración en el museo. En 2011, se transfirió al museo un edificio que antes de la revolución albergaba el consulado de Noruega y la empresa comercial "Hermanos Revillon", y más tarde, una facultad universitaria y un instituto de investigación científica, que había sufrido un incendio.