A finales del siglo XVII, en el lugar del antiguo campanario, conservando algunos elementos de la base, se construyó un magnífico campanario que ha llegado hasta nuestros días. Tiene cinco niveles y está diseñado en forma de "octógono sobre cuadrado", lo que es característico de la arquitectura de mediados y finales del siglo XVII.

La parte superior del campanario fue creada a imagen del campanario del monasterio de Alto-Petrovsky en Moscú. Sin embargo, los maestros no copiaron completamente el modelo existente: giraron el octógono de tal manera que su arista quedó frente al plano del cuadrado. En el siglo XVII, en la arquitectura rusa surgió una tendencia hacia la rica ornamentación de los edificios, tanto por fuera como por dentro. El campanario del monasterio construido en este período tiene un aspecto festivo: en tres frisos del octógono y en el nivel medio del cuadrado, en las profundidades, se instalaron azulejos con relieves de serafines y diversos frutos.

Esta obra pertenece al maestro bielorruso Stepan Ivanov, conocido como Stepan Polubes. Las esquinas del campanario están adornadas con semicolumnas, y las ventanas de diferentes tamaños con arcos están enmarcadas con hermosos marcos de ladrillo. Cada ventana tiene su función práctica: iluminar la escalera del campanario, la pórtico, la sacristía y las habitaciones auxiliares.

La altura del edificio desde la base hasta la cima de la cruz es de aproximadamente 55 metros. Anteriormente, en el nivel inferior había una amplia escalera que conducía a la iglesia cálida, al comedor y al pórtico. En el segundo nivel se encontraban la sacristía y la biblioteca. En el tercer nivel cuadrado se instalaron campanas de combate con campanas especiales para el toque de la hora.

Actualmente, el mecanismo del reloj se conserva en el museo de Kolomenskoye, donde también se encuentra una de las campanas que han sobrevivido de este campanario. Los relojes funcionaban según el principio de los relojes modernos: dos pesadas pesas descendían por un pozo que pasaba por los tres niveles inferiores. En nuestros días, la esfera del reloj se ha conservado, y el mecanismo electrónico marca cada cuarto de hora con un sonido melódico y cada hora con el golpe de la campana. Los dos niveles superiores estaban destinados al toque, y las campanas se encontraban en el nivel inferior octogonal. Para amplificar el sonido se utilizaban resonadores, recipientes huecos de barro, empotrados en los arcos y paredes.

En el inventario de 1859 se mencionan nueve campanas. En 1932, por orden del compañero Baranov, las campanas fueron derribadas, incluida la campana fundida 11 años después de la muerte del santo Pafnutio. Hasta nuestros días ha sobrevivido una campana, que ahora es una exposición del museo de Kolomenskoye. En 1992, la compañía ruso-americana "LTD Cody" regaló al monasterio 16 nuevas campanas, fundidas en Moscú. En la más grande de ellas, que pesa 750 kg, está escrito: "Campana fundida por la beneficencia de Paskotín Vladimir Kondrátievich y la familia Jerry Radny, Cherry, Cody, Lynn Jerry para la Navidad de la Madre de Dios del monasterio de Pafnutio de Borovsk. Por la bendición del arzobispo de Kaluga y Borovsk, Kliment". Con la reanudación de la vida monástica en el monasterio, comenzó la restauración del comedor y del campanario. Primero se reforzaron los cimientos, y los contrafuertes, colocados hace 100 años en la pared occidental del comedor, fueron desmantelados como innecesarios.

En las habitaciones reparadas en el sótano del campanario se estableció el Museo de la Iconografía Rusa, inaugurado y bendecido por el metropolitano de Kaluga y Borovsk, Kliment, en 2012. Sobre la entrada a una de las salas del museo se ha conservado una pintura mural única del siglo XVI, el Salvador No Hecho por Mano.