Am Ende des 17. Jahrhunderts wurde anstelle des alten Glockenturms, der einige Elemente des Fundaments bewahrte, ein prächtiger Glockenturm erbaut, der bis heute erhalten ist. Er hat fünf Ebenen und ist in Form eines "Achtkant auf einem Viereck" gestaltet, was für die Architektur der Mitte und des späten 17. Jahrhunderts charakteristisch ist.

Der obere Teil des Glockenturms wurde nach dem Vorbild des Glockenturms des Moskauer Hoch-Petrowski Klosters geschaffen. Die Meister kopierten jedoch das bestehende Vorbild nicht vollständig: Sie drehten den Achtkant so, dass seine Kante gegenüber der Fläche des Vierecks lag. Im 17. Jahrhundert entstand in der russischen Architektur eine Tendenz zur reichen Verzierung von Gebäuden, sowohl außen als auch innen. Der in dieser Zeit erbaute Klosterglockenturm wirkt festlich: In drei Zonen des Achtkants und in der mittleren Ebene des Vierecks sind in Vertiefungen Kacheln mit Reliefs von Seraphim und verschiedenen Früchten installiert.

Dieses Werk stammt von dem belarussischen Meister Stepan Ivanov, bekannt als Stepan Polubes. Die Ecken des Glockenturms sind mit Halbsäulen geschmückt, und die Fenster unterschiedlicher Größe mit bogenförmigen Stürzen sind mit schönen Backsteinrahmungen versehen. Jedes Fenster hat seinen praktischen Zweck: es beleuchtet den Treppenaufgang zum Glockenturm, die Vorhalle, die Sakristei und die Nebenräume.

Die Höhe des Gebäudes vom Fundament bis zur Spitze des Kreuzes beträgt etwa 55 Meter. Früher befand sich im unteren Geschoss eine breite Treppe, die in die warme Kirche, die Speisehalle und die Vorhalle führte. Im zweiten Geschoss lagen die Sakristei und die Bibliothek. Im dritten quadratischen Geschoss waren Kampfuhr mit speziellen Glocken für die Stunden installiert.

Der Mechanismus der Uhr wird jetzt im Museum in Kolomna aufbewahrt, wo sich auch eine der erhaltenen Glocken dieses Glockenturms befindet. Die Uhr funktionierte nach dem Prinzip moderner Uhren: zwei schwere Gewichte fielen in einen Schacht, der durch alle drei unteren Geschosse führte. In der heutigen Zeit ist das Zifferblatt der Uhr erhalten geblieben, und der elektronische Mechanismus schlägt jede Viertelstunde melodisch und jede Stunde mit Glockenschlägen. Die oberen beiden Geschosse waren für das Geläut vorgesehen, wobei sich die Glocken im unteren achteckigen Geschoss befanden. Zur Verstärkung des Klangs wurden Hörner, tonnenförmige Hohlgefäße, die in die Gewölbe und Wände eingemauert waren, verwendet.

Im Inventar von 1859 werden neun Glocken erwähnt. 1932 wurden auf Anordnung von Genossen Baranov die Glocken abgeworfen, einschließlich der Glocke, die 11 Jahre nach dem Tod des hl. Pafnutius gegossen wurde. Bis heute ist eine Glocke erhalten geblieben, die jetzt ein Exponat des Kolomna Museums ist. 1992 schenkte die Russisch-Amerikanische Firma "LTD Kodi" dem Kloster 16 neue Glocken, die in Moskau gegossen wurden. Auf der größten von ihnen, die 750 kg wiegt, steht: "Die Glocke wurde durch die Wohltätigkeit von Paskotinow Wladimir Kondratjewitsch und der Familie Jerry Radny, Cherry, Kodi, Lynn Jerry für die Geburt Christi der Pafnutiew-Borowski Abtei gegossen. Mit der Segnung des Erzbischofs von Kaluga und Borowsk, Kliment." Mit der Wiederbelebung des klösterlichen Lebens in der Abtei begann die Restaurierung der Speisehalle und des Glockenturms. Zuerst wurden die Fundamente verstärkt, und die vor 100 Jahren an die Westwand der Speisehalle angebauten Strebepfeiler wurden als unnötig abgerissen.

In den renovierten Räumen im Untergeschoss des Glockenturms wurde das Museum der russischen Ikone untergebracht, das 2012 von Metropolit Kliment von Kaluga und Borowsk eröffnet und geweiht wurde. Über dem Eingang zu einem der Räume des Museums ist ein einzigartiges Fresko aus dem 16. Jahrhundert, der Heiland nicht von Menschenhand gemacht, erhalten geblieben.