El monasterio femenino de Barnaul en honor a la icono de Kazán de la Madre de Dios fue fundado con la bendición de Macario de Nizhni Nóvgorod. En agosto de 1900, la comunidad se transformó en un monasterio de vida común, y la monja Parfenia se convirtió en la igumenia. A principios del siglo XX, se construyeron aquí cuerpos de celdas, edificios de servicios, y se abrió una escuela para niñas. El 1 de marzo de 1895 se consagró la iglesia doméstica en nombre del santo Inocencio de Irkutsk, el 8 de julio de 1899 se colocó la primera piedra, y el 1 de octubre de 1904 se consagró la catedral en honor a la icono de Kazán de la Madre de Dios. El 20 de mayo de 1907 se consagró una casa de oración en honor a la icono de Vladimir de la Madre de Dios. Para 1910, el monasterio se había convertido en uno de los más grandes de Siberia, con 71 monjas y 81 postulantes, y tres sacerdotes sirviendo. En el monasterio funcionaba una escuela parroquial, donde enseñaban las residentes, así como talleres de iconografía, pintura, matrices y bordado en oro.

Después de 1917, se trasladaron al monasterio residentes de monasterios arruinados de la región de Altai, y el número de hermanas aumentó a 300 personas. En 1920, el monasterio se transformó en una comunidad agrícola de trabajo de la Madre de Dios, y en 1921 fue cerrado, transfiriendo los bienes al departamento de educación pública de la provincia. En los edificios del monasterio se establecieron cursos de maestros rojos, un instituto agrícola, tres hogares infantiles, y en 1925-1926, en el territorio del monasterio había una prisión.

La última abadesa, la igumenia Mariamna Frolova, fue arrestada a principios de 1921 como "una de las activistas en la preparación de la revuelta kulak en la aldea de Sorokino" y condenada a muerte, que fue conmutada por 10 años de prisión. En 1924 fue liberada, pero en 1925 fue arrestada nuevamente por "ocultar valores eclesiásticos" y pronto liberada. En 1938, la igumenia fue arrestada por tercera vez, reconocida culpable de "participación en una organización contrarrevolucionaria eclesiástica-monárquica" y fusilada el 11 de marzo. Muchas hermanas también fueron objeto de represión.

De los edificios del monasterio, se han conservado la capilla del templo, el cuerpo del abad, la casa del clero, la escuela y la muralla. Para 2002, los edificios conservados se unieron en el complejo "Monasterio femenino de la Madre de Dios de Kazán", al que el 30 de junio de 1997 se le otorgó el estatus de monumento arquitectónico de importancia regional por resolución de la Asamblea Legislativa de la región de Altai. Actualmente, en los edificios del monasterio se encuentra un centro de detención preventiva. Se está discutiendo la transferencia de los edificios a la iglesia, pero hasta ahora sin resultados.