En junio de 1930, el metropolitano Evlogio (Georgievski) junto con las parroquias y el clero subordinados decidió salir de la jurisdicción del Patriarcado de Moscú. Sin embargo, seis laicos, incluidos cinco miembros de la Hermandad en nombre del santo Fotio, no apoyaron esta decisión. Informaron de su desacuerdo al metropolitano Sergio (Stragorodski), quien bendijo al metropolitano de Lituania y Vilna, Eleutherio (Bogoyavlenski), para el cuidado espiritual de aquellos que permanecieron fieles a la Iglesia Ortodoxa Rusa. Más tarde se unieron a ellos sacerdotes y el obispo Benjamín (Fedchenkov).

El 3 de enero de 1931, la Administración de las parroquias de Europa Occidental, encabezada por el metropolitano Evlogio, recibió un decreto del Patriarcado de Moscú sobre la transferencia de la Hermandad de san Fotio a su jurisdicción. El 6 de enero se emitió un decreto que prohibía al metropolitano Evlogio y nombraba al metropolitano Eleutherio como exarca de Europa Occidental.

Durante la Gran Cuaresma de 1931, el metropolitano Eleutherio visitó París en varias ocasiones y celebró en un apartamento privado. En marzo de ese mismo año, el obispo Benjamín (Fedchenkov) llevó a cabo una reunión diocesana con un pequeño grupo de emigrantes que permanecieron fieles al Patriarcado de Moscú. Se tomó la decisión de crear una parroquia, y en la rue Pétel, 5 se alquiló un local que anteriormente había servido como sótano de una fábrica de bicicletas. La iglesia se ubicó en el sótano.

La iglesia, de acuerdo con el estatuto de la Hermandad de san Fotio, recibió un doble nombre: en honor a los Tres maestros y santos universales (Basilio el Grande, Gregorio el Teólogo e Ignacio de Antioquía) y al santo Tikhon de Zadonsk, lo que simbolizaba la fidelidad a la Ortodoxia Universal y a la Iglesia Ortodoxa Rusa. En la iglesia se consagraron dos altares. En la planta superior se habilitó un comedor y celdas monásticas. El obispo Benjamín fue el inspirador de esta iniciativa. El primer servicio religioso tuvo lugar en Pascua de 1931.

Desde 1931, la iglesia comenzó a funcionar como una editorial, publicando literatura espiritual y educativa. Gracias a los esfuerzos del obispo Benjamín y los feligreses, se adquirió el ícono de la Madre de Dios de Iver, que había sido sacado de Moscú por el ejército de Napoleón en 1812.

La iglesia recibió el estatus de residencia patriarcal y se hizo conocida como la residencia de los Tres Santos. En el piso superior se estableció una imprenta en nombre del padre Juan de Kronstadt. En 1933, Leonid Uspenski y Georgiy Krug pintaron el primer iconostasio de la parroquia a petición del archimandrita Afanasio (Nechayev).

En marzo de 1934, el obispo Benjamín se fue a EE. UU., y el nuevo rector fue el archimandrita Afanasio (Nechayev), quien falleció en 1943. Desde 1946, la iglesia de la residencia se convirtió en la catedral del exarcado de Europa Occidental de la Iglesia Ortodoxa Rusa.

En 1953, por iniciativa del obispo Nicolás (Yeremin), se abrieron cursos de teología y pastoral ortodoxa. Los estudiantes participaron en los servicios y vivieron en la iglesia.

En 1958, el edificio donde se encontraba la iglesia fue demolido. Los propietarios del terreno aceptaron ubicar la iglesia en un nuevo edificio, con la condición de que su apariencia exterior no recordara su significado sagrado. El arquitecto Mark Sala diseñó la iglesia como un "local comercial". Los cursos pastorales y la comunidad monástica se trasladaron a Vilmausson.

El interior de la iglesia, decorado en estilo ruso, fue adornado con frescos e íconos de Leonid Uspenski y el monje Grigori (Krug). Los trabajos se completaron en 1960.

En febrero de 1981, la residencia celebró su 50 aniversario. Las festividades fueron presididas por el metropolitano de Minsk y Bielorrusia, Filaret (Varkhomeev).

A finales de 2003 y principios de 2004, el arzobispo Inocencio (Vasiliev) llevó a cabo una renovación importante de la iglesia de los Tres Santos.

El 12 de febrero de 2016, se celebró un concierto de música espiritual en el Gran Salón del Ayuntamiento del 15º distrito de París, dedicado al 85 aniversario de la fundación de la residencia de los Tres Santos.