En la intersección de la calle Piatnitskaya y el callejón Klimentovsky se eleva una gran iglesia de cinco cúpulas dedicada a San Clemente, que destaca entre otras iglesias de Moscú. Se considera la más grande en Zamoskvorechye, y su principal tesoro es la decoración interior del siglo XVIII que se ha conservado por completo.

La primera mención de la iglesia de San Clemente se remonta al tiempo de la Confusión en Rusia. El 24 de agosto de 1612, durante la liberación de Moscú de los polacos, cerca de la iglesia de madera se encontraba el fortín Klimentyevsky, donde los cosacos de la Segunda Milicia lucharon contra el destacamento del hetman Jodkiewicz. La victoria de los cosacos jugó un papel importante en la liberación de Moscú. A mediados del siglo XVII, la iglesia ya se menciona como de piedra, y en 1720 fue reconstruida por el comerciante Ivan Komlenikhin. En 1756, comenzó una gran reconstrucción de la iglesia, que afectó la parte occidental, el campanario y el refectorio, financiada por el comerciante Kuzma Matveyev. El proyecto se atribuye a varios arquitectos: Evlashev, Trezzini, Michurin, Yakovlev, Blanck, Rastrelli.

En 1762, comenzó la construcción de la parte oriental de la iglesia, el altar principal en nombre de la Transfiguración del Salvador, que se completó en 1774. La iglesia incluía siete altares con siete iconostasios, lo que era inusual para una iglesia parroquial. Además de los altares en la iglesia y el refectorio, dos altares fueron consagrados en los coros. La iglesia de San Clemente, un destacado ejemplo del barroco moscovita, está decorada con estuco que representa querubines, conchas y rocaille. Las rejas ornamentales se utilizan tanto en la cerca como en el edificio de la iglesia. El iconostasio de siete niveles de la iglesia principal y los iconostasios laterales están realizados en el mismo estilo barroco.

En 1934, la iglesia fue cerrada para los servicios religiosos. Aunque se planeó demolerla para construir un jardín de infantes, esto no ocurrió. El edificio se convirtió en un almacén de libros de la Biblioteca Estatal Lenin, cuyos empleados conservaron cinco de los siete iconostasios y una parte significativa del interior. En 2008, la biblioteca abandonó el edificio y comenzaron los trabajos de restauración. La iglesia fue restaurada: se recreó el pabellón del lado de la calle Piatnitskaya, se restauraron los iconostasios, se reforzó la base, se restauraron la mampostería, el yeso, las ventanas, el estuco, el techo, y se colocaron nuevas cruces en las cúpulas. También se restauraron el pórtico y parte de la cerca de la iglesia.

En 2013, la iglesia se convirtió en laureada del concurso del gobierno de Moscú "Restauración de Moscú" en la categoría "Mejor proyecto de restauración/adaptación".