En la década de 1940, en este importante suburbio industrial, surgió una significativa "colonia rusa" compuesta por emigrantes de posguerra de diversas partes de la Unión Soviética. Entre ellos había rusos, ucranianos, polacos, judíos y representantes de otras nacionalidades. También se estableció un número considerable de ex cosacos, quienes crearon la primera comunidad ortodoxa. Se reunían en una casa privada para oraciones conjuntas.

Los cosacos fabricaron banderas que más tarde se convirtieron en patrimonio de la parroquia, formada en 1948. Ese año llegó a Argentina un número especialmente alto de emigrantes de habla rusa, incluyendo al padre Timoféi Soín, también de origen cosaco. Él fue el primero en comenzar a atender espiritualmente a la feligresía local, realizando servicios en espacios privados hasta la construcción del templo.

En 1950, la parroquia fue visitada por el Arzobispo Ioasaf, quien había llegado recientemente a Argentina. Al conocer la situación de la parroquia, bendijo la adquisición de un terreno para la construcción de la iglesia y nombró al padre Nikolái Cherkashin como su párroco permanente.

En 1951 se adquirió el terreno, y el 2 de marzo de 1952, Su Eminencia Ioasaf colocó solemnemente la primera piedra del nuevo templo, cuya construcción principal se completó en menos de dos meses.

En la edición de mayo de 1952 de la revista "Palabra Ortodoxa", el protoiereo Nikolái Cherkashin anunció el próximo evento: el 25 de mayo, el Arzobispo Ioasaf consagrará el nuevo templo en honor al santo Germógena en el Asentamiento Ruso de la ciudad de Quilmes. A este alegre evento fueron invitados todos los donantes, los clérigos de todas las iglesias con sus coros y todos los compatriotas ortodoxos.

El santo Patriarca Germógena, que murió mártir en las mazmorras del monasterio de Chudov, no temió enfrentarse a la ilegal autoridad secular de los interventores polacos, a diferencia de muchos jerarcas de su tiempo. Inspiró al pueblo ruso a formar una milicia popular, que finalmente expulsó a los invasores polacos.

En el momento de la consagración en 1952, ya había varias íconos en el templo, pintadas por el padre Nikolái Masich. El padre Nikolái Kolchev regaló a la nueva iglesia un fragmento de la tumba del santo Germógena, traído de Rusia. Durante la consagración, el párroco del templo, el padre Nikolái Cherkashin, fue premiado por Su Eminencia Ioasaf. La descripción de la festividad, conservada en la revista ortodoxa, transmite la atmósfera de alegría y entusiasmo general.