En la alta y rocosa orilla izquierda del río Zushi, en el lugar del antiguo Pequeño fuerte de la fortaleza de Mtsensk, se encuentra el templo. En los siglos XVI y XVII fue la iglesia catedral del monasterio masculino de Pedro, uno de los más antiguos en la región de Orel. Según la tradición, el monasterio fue fundado en el siglo XII, sin embargo, es más probable que esto ocurriera a principios del siglo XVI, cuando Mtsensk se incorporó al estado de Moscú en 1500.

Según el libro de registro de Mtsensk de 1625, en el monasterio de Pedro había dos iglesias de madera: las iglesias de Pedro y Pablo y la de la Presentación de la Santísima Virgen María con una capilla del Profeta Elías, renovadas con los fondos del primer zar de la dinastía Romanov, Mijaíl Fiódorovich. Junto a las iglesias se encontraban las celdas donde vivían el igumen y los monjes. En la década de 1670, el boyardo S. V. Ragozin construyó en el monasterio una iglesia catedral de piedra de siete cúpulas dedicada a la Presentación de la Santísima Virgen María con tres altares: el de la Presentación de la Virgen, el de los Santos Pedro y Pablo y el del Profeta Elías. Es probable que en ese mismo tiempo se desmantelara la segunda iglesia de madera del monasterio. En 1694, el monasterio de Pedro fue trasladado a un nuevo lugar más abajo en el río Zushi, donde continuó existiendo bajo el nombre de monasterio de Pedro y Pablo, y la iglesia de la Presentación se convirtió en parroquial. La campanario se construyó a finales de los siglos XVIII y XIX. Antes de la Primera Guerra Mundial, se planeaba crear un eremitorio junto a la iglesia de la Presentación, adscrito al monasterio de Pedro y Pablo, pero estos planes no se realizaron.

El templo fue cerrado en la década de 1930, y durante la ocupación de Mtsensk, los alemanes lo utilizaron como establo. Se reabrió después de la Gran Guerra Patria en 1947. En el recinto de la iglesia se han conservado cuatro losas funerarias de piedra blanca de la primera mitad del siglo XVI y de mediados del siglo XVII, descubiertas por la historiadora del arte T. A. Timasheva. Una de las losas contiene la inscripción: «Año 7164 (1656) enero 18, falleció el siervo de Dios Iván Stepanovich Ragozin en el monasterio como esquimeno Iev».