En el centro histórico de Járkov, donde la calle Pushkinskaya se encuentra con un antiguo parque, se ubica el templo de la Decapitación de San Juan Bautista, construido en estilo ruso-bizantino. El arquitecto del templo fue Andrei Andreyevich Ton, académico de arquitectura. En 1857, el templo fue consagrado por el arzobispo de Járkov y Akhtyrka, Inocencio Borisov. El primer rector fue el sacerdote Ioann Chudnovsky, quien falleció el 18 de febrero de 1859 y fue enterrado junto a la pared norte del templo.

En el calendario de Járkov de 1878, publicado por el Comité Estadístico de Járkov, en la sección sobre las iglesias de la ciudad que no tienen parroquias, se menciona la iglesia cementerial de la Decapitación de San Juan Bautista. El rector era el sacerdote Onikevich Nikandr Ivanovich, y su asistente, el sacerdote Volobuev Georgy Ivanovich. El padre Nikandr también servía como inspector y maestro de religión en la Escuela de Mujeres de la Diócesis de Járkov, que se encontraba cerca, y tenía el grado de candidato en teología de la Academia Teológica de Kiev. El padre Georgy también era asistente del maestro de religión.

Desde 1882 hasta 1884, en el templo sirvió el conocido teólogo, escritor e historiador de Járkov, el proto-presbítero Timofey Ivanovich Butkevich, quien hizo una contribución significativa a la vida espiritual de la ciudad. En 1903, el rector se convirtió en el proto-presbítero Ioann Khristoforovich Pichet, originario de Serbia, quien desarrolló activamente las escuelas espirituales de la iglesia ortodoxa.

En la década de 1920, el templo fue tomado por los renovacionistas y cerrado, pero no destruido. Su decoración interior fue destruida, y los utensilios e íconos de la iglesia fueron saqueados. Es posible que el templo se haya salvado gracias a su ubicación en el fondo del cementerio. En 1941, las tropas alemanas, al saber de un almacén de municiones en el templo, lo bombardearon, pero el edificio sufrió poco daño. En 1943, tras la liberación de Járkov, se reanudaron los servicios religiosos y se comenzó a restaurar el templo.

En 1970, el segundo sacerdote del templo fue el padre Yaroslav Bovtyuk, quien un año y medio después asumió la dirección de la parroquia. En 1987, se construyó un nuevo templo en el territorio del templo en honor al venerable Job de Pochaev. El proto-presbítero Yaroslav Bovtyuk dedicó más de 50 años al servicio pastoral, de los cuales más de 40 años al templo de San Juan de la Decapitación. Fue galardonado con numerosos órdenes eclesiásticos por su largo trabajo.