Im historischen Zentrum von Charkiw, wo die Puschkin-Straße auf einen alten Park trifft, befindet sich der Tempel der Enthauptung des Heiligen Johannes des Täufers, der im russisch-byzantinischen Stil erbaut wurde. Der Architekt des Tempels war Andrei Andrejewitsch Ton, Akademiker der Architektur. Im Jahr 1857 wurde der Tempel vom Erzbischof von Charkiw und Achtyrka, Innokentij Borisow, geweiht. Der erste Pfarrer war der Priester Ioann Tschudnowski, der am 18. Februar 1859 starb und an der Nordwand des Tempels beigesetzt wurde.

Im Charkiw-Kalender von 1878, herausgegeben vom Charkiw Statistischen Komitee, wird im Abschnitt über die Kirchen der Stadt ohne Gemeinden die Friedhofskirche der Enthauptung des Heiligen Johannes des Täufers erwähnt. Der Pfarrer war der Priester Onikevich Nikandr Ivanovich, und sein Assistent, der Priester Wolobuev Georgij Ivanovich. Vater Nikandr diente auch als Inspektor und Religionslehrer an der nahegelegenen Charkiw Eparchialen Frauenakademie und hatte den Grad eines Kandidaten der Theologie der Kiewer Geistlichen Akademie. Vater Georgij war ebenfalls Assistent des Religionslehrers.

Von 1882 bis 1884 diente im Tempel der bekannte charkiwische Theologe, Schriftsteller und Historiker Protopriester Timofej Ivanovich Butkevich, der einen bedeutenden Beitrag zum geistlichen Leben der Stadt leistete. Im Jahr 1903 wurde Protopriester Ioann Christoforovich Piceta, gebürtig aus Serbien, der Pfarrer, der aktiv die geistlichen Schulen der orthodoxen Kirche entwickelte.

In den 1920er Jahren wurde der Tempel von den Renovatoren besetzt und geschlossen, aber nicht zerstört. Seine innere Ausstattung wurde zerstört, und die kirchlichen Utensilien und Ikonen wurden geplündert. Möglicherweise blieb der Tempel aufgrund seiner Lage im Inneren des Friedhofs erhalten. Im Jahr 1941 wurden die deutschen Truppen, die von einem Munitionslager im Tempel wussten, beschossen, aber das Gebäude wurde kaum beschädigt. Im Jahr 1943, nach der Befreiung von Charkiw, wurden die Gottesdienste wieder aufgenommen und der Tempel begann mit der Wiederherstellung.

Im Jahr 1970 wurde Vater Jaroslaw Bovtyuk der zweite Priester des Tempels, der nach anderthalb Jahren die Gemeinde leitete. Im Jahr 1987 wurde auf dem Gelände des Tempels eine neue Kirche zu Ehren des heiligen Iwan von Pochaev erbaut. Protopriester Jaroslaw Bovtyuk widmete mehr als 50 Jahre seinem pastoralen Dienst, davon über 40 Jahre der Johannes-Enthauptungskirche. Er wurde für seine langjährige Arbeit mit zahlreichen kirchlichen Auszeichnungen geehrt.