En 1859, en la intersección de las modernas calles M. Gorky y Bolshaya Gornaya, gracias a los esfuerzos del comerciante saratoviano Voronov, se construyó una iglesia de madera de tres altares. El altar principal fue consagrado en honor a la Protección de la Santísima Virgen, y los altares laterales, en honor al apóstol y evangelista Juan el Teólogo, al profeta de Dios Elías, así como a San Juan Bautista, la mártir Natalia y la mártir Teodosia. Sin embargo, el edificio resultó ser frío y no podía albergar a todos los feligreses.

A mediados de la década de 1870, el arquitecto A. M. Salko desarrolló el proyecto de una nueva iglesia de piedra con cinco cúpulas. El proyecto fue aprobado en 1876, y los fondos para la construcción fueron proporcionados principalmente por comerciantes y habitantes locales, quienes también donaron materiales e íconos. La construcción se completó en 1882, y la decoración interior continuó durante dos años más.

La consagración de la nueva iglesia tuvo lugar el 20 de enero de 1885. A diferencia de la iglesia anterior, los altares de la nueva iglesia estaban dedicados a la Icono de Kazán de la Madre de Dios y a la Santísima Trinidad.

En 1893, se abrió una escuela dominical en la iglesia, así como una escuela parroquial, ubicada en el segundo piso de un gran edificio de piedra, que ahora es la escuela secundaria No. 30. También había clases de manualidades para mujeres de la Protección. El piso inferior estaba ocupado por un asilo municipal. La iglesia poseía otros tres edificios para el clero, una granja a 15 verstas de Saratov y una aldea con 12 casas y 108 habitantes.

En 1895, se construyó un campanario de cinco niveles, en el que el 28 de mayo de 1902 se equipó un altar en honor a la Icono de Iver de la Madre de Dios.

Con la llegada de un nuevo gobierno, para 1918, toda la propiedad de la iglesia, incluidos los hogares para el clero y la granja, fue nacionalizada. En la década de 1920, la iglesia permaneció bajo la administración de la Iglesia Ortodoxa y no pasó a los renovadores.

El 19 de diciembre de 1929, la iglesia fue cerrada y su edificio se convirtió en un dormitorio para el Instituto de Economía Planificada. En el campanario se instaló una guardería.

En 1931, se desmontaron las cúpulas de la iglesia y se voló el campanario. El intento de volar la propia iglesia no tuvo éxito. Se realizaron reparaciones en el interior del edificio, lo que resultó en la pérdida de la pintura mural. Desde la década de 1970, el antiguo templo albergó talleres de artistas saratovianos.

En enero de 1992, el edificio semi-destrozado fue entregado a la diócesis de Saratov.

El 1 de febrero de 1992, comenzó la restauración de la iglesia gracias a los esfuerzos de los feligreses. Bajo la dirección del protoiereo Vasily Strelkov, se restauraron las cúpulas y se devolvió su apariencia anterior.

La primera liturgia se celebró el 18 de abril de 1992 en el altar lateral parcialmente reparado. Para él, el arzobispo Pimen Jmelevski firmó el antimins en honor a la Icono de Kazán de la Madre de Dios.

En el tambor de la cúpula noroeste se instaló una campana temporal.

Desde septiembre de 1997, se llevaron a cabo trabajos para restaurar el altar central y los pisos.

En marzo de 1999, se instalaron iconostasios en los altares derecho e izquierdo.

El 14 de octubre de 2000, el rector de la iglesia, el protoiereo Vasily Antipov, realizó el rito de colocación del Santo Antimins sobre el altar principal.

El 10 de noviembre de 2001, él también realizó el rito de colocación del Santo Antimins sobre el altar del lado izquierdo, consagrado en honor al santo justo Juan de Kronstadt.

El 18 de diciembre de 2004, el obispo de Saratov, Longin Korchagin, firmó el antimins para el altar derecho, consagrado en honor a la Icono de Iver de la Madre de Dios. El rito de colocación del Santo Antimins fue realizado el 4 de enero de 2005 por el protoiereo Vasily Antipov.

El campanario fue restaurado en su lugar histórico para 2004, según el proyecto de los arquitectos A. V. Shitov y D. V. Golubinov. El 28 de noviembre de 2004, se instaló una cúpula y un pináculo en el campanario de 44 metros. La altura total del campanario con el pináculo es de 66 metros. Desde mayo de 2010, comenzó a funcionar en el campanario una tienda de la iglesia llamada 'Libro de la Protección'.

En 2007, comenzó una nueva reconstrucción de la iglesia, que incluye la sustitución de las cinco cúpulas, la pintura completa del interior y el acabado de la fachada en nuevos tonos burdeos.