A finales del siglo XVIII y principios del XIX, gracias a los esfuerzos del metropolitano de Moscú, Platon Levshin, el monasterio fue rodeado por un muro de piedra con torres. Bajo su dirección, el monasterio fue transformándose gradualmente, formándose su aspecto arquitectónico.

El nuevo templo de piedra, construido sobre las puertas del norte de la comunidad, fue consagrado en honor a los santos apóstoles Pedro y Pablo. Esto no fue casual, ya que el patrón celestial del metropolitano Platon, que llevaba el nombre de Pedro en su bautismo, era el apóstol Pedro.

Desde el punto de vista arquitectónico, la iglesia era un edificio de dos pisos con un ábside saliente, coronado por un techo en forma de campana con tambor y cúpula. El primer piso se utilizaba para necesidades domésticas, mientras que en el segundo se encontraba el propio templo. La decoración interior de la iglesia se completó a mediados del siglo XIX.

En 1850, gracias a los esfuerzos del constructor, el hieromonje Georgiy, se instaló un iconostasio tallado y dorado, cuyos dos niveles de íconos, local y festivo, fueron realizados en estilo griego. También se pintaron el altar y las paredes del templo. Ese mismo año, la iglesia fue consagrada por el abad del monasterio, el hieromonje Georgiy, con la bendición del metropolitano de Moscú y Kolomenskoye, Filaret. En septiembre de 1895, bajo el constructor, el hieromonje Gavriil, comenzó la reparación de la iglesia de Pedro y Pablo. Los pisos y techos de madera fueron reemplazados por bóvedas de ladrillo, y los pisos cubiertos con parquet. En 1896, se construyó una casa de dos pisos junto a la iglesia de Pedro y Pablo, donde en 1906 se ubicaban las celdas de los hermanos.

En este edificio, en 1993, se establecieron las primeras monjas del renaciente monasterio de Santo Trifón. La iglesia de Pedro y Pablo se convirtió en el primer templo en funcionamiento de la comunidad.