En el siglo XVII, la reforma nikoniana prohibió la construcción de iglesias con cúpulas, sin embargo, esta prohibición no se aplicaba a las torres campanarias con cúpulas. Como resultado, surgió un nuevo tipo de edificios religiosos, las iglesias en niveles, o iglesias-barco. Estas construcciones se elevaban hacia arriba, pero no tan dinámicamente como las cúpulas.

La estratificación se lograba mediante la instalación de troncos octogonales uno sobre otro, generalmente tres, que disminuían en altura y ancho a medida que se elevaban hacia la cúpula con la cruz. Este mismo método se utilizaba en la construcción de campanarios, que se coronaban con una cúpula. La altura y la segmentación del volumen correspondían a las exigencias de la época, y la fragmentación de las formas estaba en el espíritu del barroco, que se había difundido primero en las capitales y luego en las provincias de Rusia.

Las iglesias en niveles, en las que los troncos principales, el altar, la sala de la cena, la galería con la torre campanaria en niveles y el porche estaban dispuestos en el eje este-oeste, recordaban a un barco de vela de dos mástiles. Uno de los mejores ejemplos es la iglesia de Nicolás en Alto Isla. En 1783, en los "Informes de Clero del distrito de Novgorod" se menciona "Iglesia en nombre del santo Nicolás, nueva, de madera, sin capillas, fría..."

A lo largo de su existencia, la iglesia ha experimentado al menos dos grandes reparaciones en 1879 y 1901. La parte inferior del edificio, un casi cuadrado cuarto y tres paredes de la sala de la cena, están hechas de gruesos troncos redondos, unidos en las esquinas "en redondo". Las uniones eran complejas: en la cavidad dejaban dos espigas en dirección longitudinal y dos ranuras transversales verticales. Esta construcción prevenía el desplazamiento de los troncos y facilitaba el tratamiento de las esquinas, donde los troncos estaban tallados y las esquinas eran rectas. Los techos están hechos en dos capas.

En el altar, el techo es a cinco aguas, en la sala de la cena, a dos aguas, en dos octogonales, a un agua en ocho lados, y en el octogonal superior, a ocho aguas. La cúpula está cubierta de tablones. El cuarto del campanario está cubierto con techos a dos aguas en las esquinas noroeste y suroeste, y en las opuestas, a un agua. El octogonal inferior está cubierto con techos a un agua, el superior, con un techo a ocho aguas, que servía como piso del nivel de campanas.

El iconostasio de la iglesia se ha conservado en su forma original, aunque ha sido sometido a renovaciones. Está hecho en una estructura de marco con tallas barrocas y dorado sobre un fondo pintado. Consiste en cuatro niveles de íconos: locales, deisis, festivos y proféticos. Los trabajos de restauración principales se completaron en 1979, pero los menores continuaron hasta 1989. Posteriormente, se instaló un iconostasio con íconos restaurados y puertas "reales".