El templo, construido en 1907 por el conocido benefactor y comerciante astracanense Iván Ivánovich Gubín, sirvió como panteón familiar para los comerciantes Gubín. Ese mismo año fue enterrado aquí su hermano Aleksandr Ivánovich Gubín. Con el templo está relacionada una interesante leyenda: en su juventud, Aleksandr Ivánovich sufrió a manos de cosacos, quienes lo golpearon con sus látigos, lo que le provocó temblores en la cabeza. A principios del siglo XX, cuando el santo justo padre Juan de Kronstadt visitó Astracán, Aleksandr Ivánovich se dirigió a él en busca de apoyo espiritual. El padre Juan lo bendijo con las palabras: 'Sobre tu cuerpo habrá un templo'. Esta profecía se cumplió, y poco después de la muerte de su hermano, Iván Ivánovich Gubín fue enterrado en una cripta especialmente habilitada bajo las bóvedas del nuevo templo.

El templo fue nombrado en honor al patrón celestial de Iván Ivánovich, quien nació el día de la Decapitación de la Cabeza de San Juan Bautista. El 29 de agosto de 1907 fue consagrado por el rector del seminario teológico de Astracán, el archimandrita Iván Levitski. El templo era de piedra, de un solo altar, pequeño y sin campanario. Los servicios religiosos se realizaban solo en verano y exclusivamente a petición de la familia Gubín, ya que el templo no estaba calefaccionado.

Después de la revolución de 1917, la iglesia de San Juan Bautista se utilizó raramente y casi siempre permanecía cerrada. En diciembre de 1943, el arzobispo de Astracán, Filíp Sávitski, luchó activamente por la devolución del templo a la diócesis y su apertura para los servicios religiosos. En 1949, con motivo de la visita a Astracán del Santo Patriarca de Moscú, Alexio I, las autoridades locales registraron la comunidad eclesiástica del cementerio.

Hoy en día, el viejo cementerio ya no se utiliza para entierros, pero todavía se llevan allí los fallecidos para su despedida, siguiendo una antigua tradición.