Der 1907 von dem bekannten astrachanischen Wohltäter und Kaufmann Ivan Ivanovich Gubin erbaute Tempel diente als Familiengrablege für die Kaufleute Gubin. Im selben Jahr wurde hier sein Bruder Alexander Ivanovich Gubin beigesetzt. Mit der Kirche ist eine interessante Legende verbunden: In seiner Jugend wurde Alexander Ivanovich von Kosaken misshandelt, die ihn mit Peitschen schlugen, weshalb sein Kopf zitterte. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts, als der heilige gerechte Vater Johannes von Kronstadt Astrachan besuchte, wandte sich Alexander Ivanovich an ihn, um geistliche Unterstützung zu erhalten. Vater Johannes segnete ihn mit den Worten: „Auf deinem Körper wird ein Tempel sein“. Diese Prophezeiung erfüllte sich, und kurz nach dem Tod seines Bruders wurde auch Ivan Ivanovich Gubin in der neu erbauten Kirche in einer eigens eingerichteten Gruft beigesetzt.

Die Kirche wurde zu Ehren des himmlischen Schutzpatrons von Ivan Ivanovich benannt, der am Tag der Enthauptung des heiligen Johannes des Täufers geboren wurde. Am 29. August 1907 wurde sie von dem Rektor des astrachanischen theologischen Seminars, dem Erzpriester Ioann Levitsky, geweiht. Die Kirche war aus Stein, hatte einen Altar und war klein und ohne Glockenturm. Die Gottesdienste fanden nur im Sommer und ausschließlich auf Wunsch der Familie Gubin statt, da die Kirche nicht beheizt wurde.

Nach der Revolution von 1917 wurde die Johannes-Täufer-Kirche selten genutzt und blieb fast immer geschlossen. Im Dezember 1943 setzte sich der astrachanische Erzbischof Philipp Stawitzky aktiv für die Rückgabe der Kirche an das Bistum und deren Öffnung für Gottesdienste ein. 1949, im Zusammenhang mit dem Besuch des Heiligen Patriarchen von Moskau Alexius I. in Astrachan, registrierten die örtlichen Behörden die Friedhofsgemeinde.

Heute wird der alte Friedhof nicht mehr für Beisetzungen genutzt, aber in die Friedhofskirche werden weiterhin Verstorbene zur Beerdigung gebracht, gemäß einer alten Tradition.