De la carta de privilegio del zar al obispo de Suzdal, Varlaam, de 1578, se deduce que en el lugar de la iglesia de Boris y Gleb anteriormente había un monasterio del mismo nombre y la aldea de Borisova Stora. Sin embargo, en el inventario de la ciudad de Suzdal de 1617 ya no hay menciones del monasterio de Boris y Gleb y su aldea. Probablemente, este lugar fue destruido y arrasado durante la intervención polaca en el Tiempo de Troubles. El libro de registros de Suzdal de 1628-1629 informa que al otro lado del río Kamenka había un monasterio de Boris y Gleb del arzobispo José, que contaba con la iglesia de la Anunciación de la Madre de Dios y el templo de Nicolás el Milagroso, construidos de madera.

La fecha exacta de construcción del templo es desconocida, se supone que fue erigido en 1749. Sin embargo, por las características arquitectónicas, como el octógono sobre el cuadrado y los elementos barrocos en las fachadas, la iglesia puede atribuirse a finales del siglo XVII, y el campanario, a mediados del siglo XVIII. La iglesia está situada en la zona de Zarechnaya en la calle Borisova Stora y también es conocida como la de los Manantiales.

En 1923, el templo fue cerrado, y el museo de Suzdal propuso demolerlo para utilizar los materiales de construcción, incluidos para la sauna de la ciudad. La iglesia de invierno de Nicolás de 1718, que estaba al noroeste de Boris y Gleb, fue desmantelada para 1937. La iglesia de verano de Boris y Gleb evitó la demolición. El templo estuvo abandonado durante mucho tiempo, se planeó utilizarlo como almacén, pero en 1961 fue restaurado bajo la dirección de A. D. Varganov en el marco de la transformación de Suzdal en una ciudad-museo.

A principios de la década de 2000, el templo de Boris y Gleb fue transferido a la Iglesia Ortodoxa Autónoma Rusa, pero no se inició la restauración. El 10 de junio de 2014, el templo pasó a estar bajo la jurisdicción de la diócesis de Vladimir de la Iglesia Ortodoxa Rusa.

En el verano de 2017, comenzó una restauración capital del templo muy deteriorado. El edificio recibió un nuevo revestimiento, así como una nueva cúpula dorada y un pináculo. Para 2019, la apariencia del templo fue restaurada y el área circundante fue embellecida.

El templo de ladrillo rojo fue construido en el estilo barroco moscovita, que es atípico para Suzdal. Al edificio principal en forma de octógono sobre un fuerte cuadrado se le añadieron una ábside y una baja sala de comidas, a la que se adosa un campanario cuadrado con pináculo y grandes aberturas en los niveles de campanas. El edificio está decorado con marcos tallados, pilastras y un portal, y en su interior se conserva la pintura de los siglos XVIII y XIX.