Aus dem kaiserlichen Privileg von 1578 an den Bischof von Suzdale, Varlaam, geht hervor, dass an der Stelle der Borisoglebskaja-Kirche zuvor ein gleichnamiges Kloster und die Siedlung Borisova Storona existierten. In der Stadtbeschreibung von Suzdale aus dem Jahr 1617 gibt es jedoch keine Erwähnung des Borisoglebskaja-Klosters und seiner Siedlung mehr. Wahrscheinlich wurde dieser Ort während der polnischen Intervention in der Zeit der Wirren zerstört und verwüstet. Das Katasterbuch von Suzdale aus den Jahren 1628-1629 berichtet, dass hinter dem Fluss Kamenka das Kloster des Borisoglebskij-Erzbischofs Joseph lag, in dem sich die Kirche der Verkündigung der Gottesmutter und der Tempel des Nikolaus des Wundertäters aus Holz befanden.

Das genaue Datum des Baus des Tempels ist unbekannt, es wird angenommen, dass er 1749 errichtet wurde. Aufgrund architektonischer Merkmale wie dem Achteck auf dem Viereck und Elementen des Barock an den Fassaden kann die Kirche jedoch auf das Ende des 17. Jahrhunderts datiert werden, während der Glockenturm auf die Mitte des 18. Jahrhunderts zurückgeht. Die Kirche befindet sich im Zarjotschnaja-Viertel in der Borisova-Straße und ist auch als Isttschenikowskaja bekannt.

1923 wurde der Tempel geschlossen, und das Suzdaler Museum schlug vor, ihn abzureißen, um Baumaterialien zu verwenden, unter anderem für das städtische Bad. Die Winter-Nikolskaja-Kirche von 1718, die nordwestlich der Borisoglebskaja-Kirche lag, wurde bis 1937 abgerissen. Die Sommer-Borisoglebskaja-Kirche entging dem Abriss. Der Tempel war lange Zeit verlassen, es war geplant, ihn als Lager zu nutzen, aber 1961 wurde er unter der Leitung von A. D. Varganov im Rahmen der Umwandlung von Suzdale in eine Museumsstadt restauriert.

Anfang der 2000er Jahre wurde die Borisoglebskaja-Kirche der Russischen Orthodoxen Autonomen Kirche übergeben, aber die Restaurierung begann nicht. Am 10. Juni 2014 ging der Tempel in die Obhut des Wladimirer Bistums der Russischen Orthodoxen Kirche über.

Im Sommer 2017 begann die umfassende Restaurierung des stark verfallenen Tempels. Das Gebäude erhielt eine neue Verkleidung sowie eine neue vergoldete Kuppel und einen neuen Turm. Bis 2019 wurde das äußere Erscheinungsbild des Tempels wiederhergestellt und das angrenzende Gebiet verschönert.

Der Tempel aus rotem Ziegel wurde im Stil des Moskauer Barocks erbaut, der für Suzdale untypisch ist. An das Hauptgebäude in Form eines Achtecks auf einem massiven Viereck sind die Apsis und die niedrige Trauergemeinde angebaut, an die sich ein vierseitiger Glockenturm mit einem Spitzdach und großen Öffnungen in den Glockenstöcken anschließt. Das Gebäude ist mit geschnitzten Fensterrahmen, Pilastern und einem Portal geschmückt, im Inneren sind Malereien aus dem 18. und 19. Jahrhundert erhalten geblieben.