El templo más antiguo de Novgorod y uno de los primeros en Rusia, dedicado a los santos mártires Boris y Gleb, fue fundado en 1146 en el lugar donde anteriormente se encontraba el templo de madera de Sofía con 13 cúpulas. En 1167, la iglesia de madera fue reemplazada por una de piedra, que fue consagrada en 1171.

Las crónicas mencionan que el templo era "magnífico y hermoso". Ha sido objeto de incendios, destrucción y reconstrucción en varias ocasiones. En 1405, un incendio lo destruyó por completo, y en 1411, el arzobispo Efimio erigió una nueva iglesia de Boris y Gleb sobre la antigua base. Finalmente, el templo fue desmantelado en la segunda mitad del siglo XVII, y en su lugar, en el Kremlin, ahora se encuentra la iglesia de Andrés Estratilata.

Hasta nuestros días ha llegado solo la iglesia de Boris y Gleb en Plotniki. Su historia es conocida a través de crónicas, descripciones de antigüedades novgorodenses del archimandrita Macario y estudios contemporáneos. La primera mención de la iglesia de piedra de una cúpula de Boris y Gleb data de 1377. La iglesia sufrió en varias ocasiones por incendios y finalmente fue desmantelada debido a su deterioro.

En 1536 comenzó la construcción de una nueva iglesia de piedra de cinco cúpulas con dos capillas dedicadas a San Nicolás el Milagroso y San Vladímir. En la construcción participaron los habitantes de dos calles, Zapolskaya y Konyukhova, así como huéspedes de Moscú y Novgorod. La iglesia fue erigida en cinco meses y consagrada en 1537. En la construcción participaron treinta personas, de las cuales veinte eran maestros. En el siglo XVI, la iglesia era considerada catedral, y en el siglo XVII, parroquial. En el día de Boris y Gleb en el siglo XVII, se celebraba un servicio episcopal en la iglesia.

La catedral ha conservado sus formas arquitectónicas originales y es una construcción cúbica de cuatro pilares con una ábside semicircular y un nártex occidental reducido, coronada con cinco cúpulas. Las fachadas están divididas por contrafuertes en tres tramos. La solución arquitectónica es típica de la arquitectura novgorodense de la época republicana. Las cinco cúpulas, la disposición del podklety, el remate a múltiples aguas de las fachadas y los frisos de nichos pentagonales, todo esto son nuevas tendencias en la arquitectura. La iglesia de Boris y Gleb es de dos pisos con una ábside altar y una adición en el lado occidental. En el siglo XVIII, la capilla sur de San Nicolás el Milagroso fue trasladada al nártex occidental, y la capilla de San Vladímir, al subtemplo. También se menciona por primera vez la capilla de la Protección en la parte norte del nártex. Algunas de las íconos del iconostasio de la iglesia se han conservado y ahora se encuentran en el museo de Novgorod.

A principios del siglo XX, la iglesia cayó en abandono y se consideraba una de las más pobres del imperio. Después de 1907, fue reparada, y el arquitecto V. V. Suslov realizó por primera vez mediciones del templo del siglo XVI. En abril de 1933, la iglesia fue cerrada. En la década de 1950, bajo la dirección de Z. I. Vasilieva, se llevaron a cabo trabajos de restauración, y en las décadas de 1960 y 1980, T. V. Gladenco y V. A. Popov continuaron con investigaciones y restauraciones. En 1992, la iglesia fue entregada a la diócesis de Novgorod y consagrada el 6 de agosto del mismo año.