Según el decreto de la Consistoría Espiritual de Járkov, la antigua iglesia del hospital, que consistía en una pequeña habitación, fue disuelta. En este espacio, donde ahora se encuentra un taller de costura para enfermos mentales, era tan estrecho e incómodo que, con una gran concentración de personas, se hacía difícil respirar. Muchos enfermos no soportaban el calor y se desmayaban, por lo que la visita a la iglesia se organizaba por turnos. La cuestión de construir una nueva iglesia, más espaciosa e higiénica, era extremadamente relevante. El padre G. Belyaev se dirigió en varias ocasiones a las autoridades pidiendo que se resolviera este problema, pero las discusiones en las asambleas de la tierra no llevaron a acciones concretas.

El primero en tomar medidas reales para la construcción de una nueva iglesia fue el miembro de la Administración Provincial Leonid Dmitrievich Lesevitsky. Él, al estar cerca del hospital y conocer las necesidades de la iglesia del hospital, en 1900 propuso crear un fondo de 10,000 rublos para la construcción de una nueva iglesia, ahorrando 1,000 rublos anualmente durante 10 años. Lesevitsky defendió insistentemente esta propuesta, y la esperanza de construir una nueva iglesia comenzó a materializarse.

El rápido crecimiento del hospital y el gran número de enfermos que necesitaban apoyo espiritual llevaron al clero a dirigirse a la Administración Provincial con la solicitud de acelerar la construcción de la iglesia. Sin embargo, a pesar del apoyo de la Administración, el gobierno se negó a ayudar, y las esperanzas de una pronta construcción comenzaron a desvanecerse. En 1904, el clero volvió a solicitar la asignación de 12,000 rublos para la construcción de la nueva iglesia, y gracias al apoyo del presidente de la Administración, Vasily Grigorievich Kolokoltsov, la Asamblea Provincial acordó asignar la suma necesaria.

La construcción de la nueva iglesia comenzó en la primavera de 1905 bajo el proyecto de Mikhail Ivanovich Lovtsov, quien dirigió los trabajos con especial cuidado. Sin embargo, los fondos asignados resultaron insuficientes, y la iglesia se completó solo parcialmente. En 1906, el clero solicitó la asignación de fondos adicionales para finalizar la construcción, y finalmente la Asamblea Provincial asignó la suma necesaria. La construcción de la iglesia se completó el 23 de noviembre de 1907.

El 22 de noviembre de 1907, a las 6 de la tarde, con una gran concentración de fieles, el rector de la iglesia, el padre M. Slutsky, llevó a cabo la primera vigilia. Al día siguiente, el 23 de noviembre, la nueva iglesia fue solemnemente consagrada por el Arzobispo de Járkov y Akhtyrka, Arsenio. Después de la consagración, se celebró la primera Liturgia, en la que el Arzobispo se dirigió a los presentes con un discurso conmovedor. Al final del servicio, se proclamaron oraciones por la longevidad del Emperador, el Santo Sínodo y los constructores de la iglesia. A la ceremonia asistieron el Gobernador de la Nobleza Provincial N.A. Rebinder, otros invitados de honor, médicos y numerosos enfermos y empleados.