La idea de construir un templo de piedra sobre las Grutas en honor a la icono de Chernígov de la Santísima Madre de Dios pertenecía al igumen Daniel y fue realizada según el proyecto del arquitecto Nikolai Vladimirovich Sultanov. En este asunto participaron el igumen Daniel, el sacristán del Monasterio de la Trinidad de San Sergio, el archimandrita Afanasio, el asistente del economista del monasterio, el ieromonje Gennadio, el encargado del monasterio de las grutas, el ieromonje Nectario, así como numerosos hermanos del skit y las grutas. El templo fue concebido como espacioso y realizado en el estilo de la arquitectura rusa de la segunda mitad del siglo XVII.

El skit de Gefsimán no tenía fondos para construir un templo tan lujoso, por lo que se tuvo que recurrir a la ayuda de benefactores. A la solicitud respondieron el ciudadano honorario Sergey Pavlovich Patrikeev, el comerciante Mikhail Vasilyevich Morgunov, la princesa Elena Petrovna Cherkasskaya, el campesino de la provincia de Vladimir Daniil Vasilyevich Kiselev y muchos otros.

El 28 de septiembre de 1886 se llevó a cabo la solemne colocación de la primera piedra del futuro templo, que fue realizada por el metropolitano de Moscú, Inocencio Rudnev.

El templo fue construido pronto. Se adornó con dos capillas: en honor a los santos príncipes Boris y Gleb, construida con los fondos de la princesa Cherkasskaya y consagrada en 1889 por el metropolitano Ioannikiy, y en honor al Profeta de Dios Elías, construido gracias a las contribuciones del comerciante I.V. Patrikeev y consagrado en 1890. También la princesa Cherkasskaya organizó un templo en las grutas en nombre de Antonio y Teodosio de Kiev, donde más tarde fue enterrada.

El 26 de agosto de 1893, en la festividad de la icono de Vladimir de la Madre de Dios, se consagró la capilla principal del templo en honor a la icono de Chernígov de la Santísima Madre de Dios. El rito de consagración fue realizado por el obispo de Dmitrov, Alexander Svetlakov, quien administraba la diócesis de Moscú.

El templo resultó ser muy hermoso tanto por fuera como por dentro. Era espacioso y luminoso, con un lujoso iconostasio metálico, realizado con los fondos de la comerciante A.I. Osipova. En su interior había una hermosa pintura mural en el estilo del siglo XVI, creada por el iconógrafo N.M. Safonov, y el suelo estaba decorado con mosaicos con patrones. Por la riqueza de sus decoraciones y su nivel artístico, el templo de Chernígov era considerado uno de los más famosos de Rusia.