Die Idee zum Bau der steinernen Kirche über den Höhlen zu Ehren des Черниговская Ikone der Heiligen Gottesmutter stammt von dem Abt Daniil und wurde nach dem Entwurf des Architekten Nikolai Wladimirowitsch Sultanow realisiert. An diesem Vorhaben waren Abt Daniil, der Sakristan des Dreifaltigkeits-Sergius-Klosters, Archimandrit Afanasius, der Assistent des Ökonomen des Klosters, Hieromonk Gennadiy, der Leiter des Höhlenklosters, Hieromonk Nektarij sowie zahlreiche Brüder des Skita und der Höhlen beteiligt. Die Kirche war als geräumig und im Stil der russischen Architektur der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts konzipiert.

Der Gethsemaner Skit hatte nicht die Mittel, eine so prächtige Kirche zu bauen, weshalb um Hilfe bei Wohltätern gebeten werden musste. Auf die Bitte reagierten der Ehrenbürger Sergej Pawlowitsch Patrikeev, der Kaufmann Michail Wasiljewitsch Morgunow, die Fürstin Elena Petrowna Tscherkasskaja, der Bauer aus der Provinz Wladimir Daniil Wasiljewitsch Kisselew und viele andere.

Am 28. September 1886 fand die feierliche Grundsteinlegung der zukünftigen Kirche statt, die von dem Moskauer Metropoliten Innokentij Rudnev durchgeführt wurde.

Die Kirche wurde bald darauf erbaut. Sie wurde durch zwei Altäre geschmückt: zu Ehren der heiligen glorreichen Fürsten Boris und Gleb, errichtet aus Mitteln der Fürstin Tscherkasskaja und 1889 von Metropolit Joannikij geweiht, und zu Ehren des Propheten Gottes Elias, erbaut dank der Spenden des Kaufmanns I.W. Patrikeev und 1890 geweiht. Außerdem richtete die Fürstin Tscherkasskaja eine Höhlenkirche im Namen von Antonij und Feodosij von Kiew ein, wo sie später beigesetzt wurde.

Am 26. August 1893, am Fest der Wladimir-Ikone der Gottesmutter, wurde der Hauptaltar der Kirche zu Ehren der Черниговская Ikone der Heiligen Gottesmutter geweiht. Die Weihe wurde von dem Bischof von Dmitrov, Alexander Svetlakov, der die Moskauer Diözese leitete, durchgeführt.

Die Kirche erwies sich als sehr schön, sowohl außen als auch innen. Sie war geräumig und hell, mit einem prächtigen metallenen Ikonostase, der aus Mitteln der Kaufmannswitwe A.I. Osipowa gefertigt wurde. Im Inneren gab es wunderschöne Wandmalereien im Stil des 16. Jahrhunderts, geschaffen von dem Ikonenmaler N.M. Safonov, und der Boden war mit einem Mosaik mit Muster ausgelegt. In Bezug auf den Reichtum der Dekorationen und das künstlerische Niveau galt die Черниговская Kirche als eine der berühmtesten in Russland.