El museo fue fundado en otoño de 1904 como una institución para la demostración de materiales visuales bajo la égida de la "Sociedad de Cuidado de Niños", encabezada por V.I. Lunín, un conocido activista social y político de Kubán. Inicialmente, el museo contaba con alrededor de un centenar de exposiciones y estaba ubicado en una de las habitaciones del gimnasio femenino de Armavir. Con el tiempo, el museo se expandió, cambió de ubicación varias veces y finalmente se estableció en la escuela Pushkin, actualmente en la calle R. Luxemburgo.

En 1911, el museo cambió su nombre a "Museo de Ciencias y Conocimientos Aplicados de Armavir en memoria del 19 de febrero de 1861". En 1920, pasó a ser financiado por el estado, y en 1928 recibió un nuevo edificio en la esquina de las calles Lenin y K. Marx. El museo tenía tres secciones: historia local, trabajo y educación sanitaria.

En agosto de 1942, el edificio del museo fue destruido como resultado de un ataque de la aviación fascista, y todos los fondos se perdieron. En 1948, se le proporcionó temporalmente al museo una mansión preservada en la calle Lenin, 114, donde se encuentra hoy. En noviembre de 1949, el museo reabrió sus puertas al público, y todas las exposiciones fueron reunidas por un colectivo de la posguerra.

La colección del museo incluye hallazgos paleontológicos, como huesos de mastodonte, rinoceronte, hiparión, tigre de dientes de sable y fauna marina. Entre ellos destaca un enorme cráneo de un elefante trogonterio que habitó en Kubán hace 250 mil años. Las colecciones arqueológicas se han recopilado de expediciones en el territorio de la Media Kubán desde 1967, incluyendo joyas de oro de las culturas de Maikop y del Norte del Cáucaso, de la cultura escita, de los meotos y sármatas, así como de los alanos. También se presenta en el museo una colección única de estatuas de piedra de escitas y polovtsianos, encontradas principalmente en las cercanías del asentamiento Gorkaya Balka. La colección incluye un monumento de la cultura cimmeria, la "piedra del ciervo", así como cerámica de esmalte negro y rojo y figuritas de terracota.

La colección de armas de los siglos XVIII y XX es de especial valor, incluyendo dagas, sables, rifles y pistolas de la época de la Guerra del Cáucaso, así como armas de las guerras civiles y de la Gran Guerra Patria.

En los fondos del museo también se conservan colecciones de samovares, principalmente de producción tula, muebles del siglo XIX y principios del XX, porcelana "kuznetsov" y una colección etnográfica que refleja la vida de varios pueblos que habitan en Armavir.

La colección de arte incluye tres estudios de M.V. Nesterov, pintados en Armavir: "Paisaje marino", "Vista del barco" y "Vista de la mansión".

También es interesante la colección de íconos de los siglos XIX y principios del XX. Desde el inicio del tercer milenio, se ha prestado especial atención a la ampliación de la colección de íconos ortodoxos, que se diferencian en colorido y estilo de los íconos de la franja media de Rusia y su norte. Entre ellos se encuentran "La Trinidad", "El Señor Todopoderoso", "La Protección" y otros.

El museo también alberga una pequeña, pero significativa colección de libros antiguos rusos impresos y manuscritos, así como ediciones de revistas y periódicos de antes de la revolución que reflejan el desarrollo de la impresión.