Der moderne Glockenturm, der 1603 in der Nähe des früheren Glockenturms über den Kellerzellen errichtet wurde, wurde mit Mitteln von D.I. Godunov gebaut. Er ist nach dem Vorbild des Kathedralglockenturms in Rostow am Don, jedoch in kleinerem Maßstab, als Galerie mit drei Gewölben gestaltet. Unter den beiden unteren Gewölben befinden sich Lagerräume, und unter dem oberen, in vier gewölbten Durchgängen, hängen die Glocken. Über dem nördlichen Durchgang, der wie ein quadratischer Turm aussieht und sich über die anderen Teile des Gebäudes erhebt, befindet sich ein hoher, schindelgedeckter Steinaufsatz, der später erhöht wurde. In diesem Turm sind Teile des Mechanismus einer alten Turmuhr erhalten geblieben, die wahrscheinlich dem Typ der Uhr am Euphimius-Turm in Nowgorod entsprechen. Laut einer Inschrift auf der Glocke wurde diese Uhr 1659 mit Mitteln von D.I. Godunov eingerichtet. An der Westseite des Glockenturms wurde eine steinerne Terrasse mit einem eisernen Dach angebaut, zu der eine steinerne Treppe mit eisernen Geländern führt.

Im Jahr 1908 wurde der Glockenturm renoviert, und der Außenanstrich des schindelgedeckten Turms wurde an drei Seiten erneuert. Aufgrund der schnellen Abnutzung der Malerei und der Unstimmigkeit mit der Gestaltung der Dreifaltigkeitskathedrale wurde jedoch 1912 bei der Restaurierung des Ipatjew-Klosters beschlossen, dem Glockenturm sein ursprüngliches Aussehen zurückzugeben. Der Glockenturm des Klosters beherbergt jetzt 10 Glocken. Von den alten ist die größte Glocke mit einem Gewicht von 600 Pud, die am 20. September 1648 auf Befehl von Zar Alexei Michailowitsch gegossen wurde, erhalten geblieben. Diese Glocke wurde wahrscheinlich aus einer früheren Glocke, die ebenfalls 600 Pud wog und von der Mutter von Boris Godunov dem Kloster gespendet wurde, umgegossen. Die zweitgrößte Glocke wog ursprünglich 172 Pud und wurde zur Zeit von Zar Boris Godunov gegossen. Nach einem Riss wurde sie 1894 mit einer Gewichtserhöhung auf 208 Pud 2 Pfund umgegossen. Die dritte Glocke mit einem Gewicht von 104 Pud 25 Pfund wurde 1812 umgegossen. Die vierte Glocke, die 68 Pud wiegt, wurde von D.I. Godunov gespendet und am 1. August 1659 umgegossen. Die fünfte und sechste Glocke wurden zur Zeit von Zar Alexei Michailowitsch umgegossen. Bei den anderen Glocken sind keine Daten zu ihrem Ursprung vorhanden. Im Jahr 1912 wurde der schindelgedeckte Aufsatz des Glockenturms mit grünen Ziegeln gedeckt, und einige Fenster und Bögen wurden geöffnet, um das frühere Aussehen des Glockenturms wiederherzustellen.

Der historische Glockensatz am Glockenturm des Heiligen Dreifaltigkeits-Ipatjew-Klosters ist nicht erhalten geblieben, da während der Peterszeit die meisten von ihnen zur Herstellung von Kanonen eingeschmolzen wurden. Die heutigen Glocken stammen aus verschiedenen Epochen. Die letzte Glocke "Zar Michael" wurde 2006 anlässlich des 400-jährigen Jubiläums der Berufung von Zar Michael Fjodorowitsch auf den russischen Thron gegossen und von Michael, Prinz von Kent, gespendet.