Im Jahr 1325 begann auf Befehl des Großmeisters des Deutschen Ordens, Werner von Orseln, der Meister Arnold von Eylenschein mit dem Bau der Burg Ile an der Stelle der ehemaligen preußischen Festung Sutwrit. Die Ritter errichteten einen Damm mit einer Mühle, was es ermöglichte, den Wasserspiegel des Flusses anzuheben und eine Insel für die Burg zu schaffen. Bis 1330 war die Burg in Form eines Vierecks erbaut, umgeben von einem Wassergraben, einer Zugbrücke und Toren mit Gitter. Auf der Ostseite wurde ein großer Vorburg angebaut. Ursprünglich hieß die Burg Ile, später Iladia, aber letztendlich setzte sich der Name Preußisch Eylau durch.

Bis 1347 diente die Burg als Residenz des Ordenspflegers, danach beherbergte sie die Verwaltung der Kammer, die mit dem Komturamt Balga verbunden war.

Die Burg bewies zum ersten Mal ihre Standhaftigkeit während des Dreißigjährigen Krieges, als sie wiederholten polnischen Angriffen standhielt. Im Jahr 1520 belagerten etwa viertausend Reiter die Festung, aber dank des Selbstopferns der Verteidiger hielt die Burg stand.

Im Jahr 1807 fand in der Umgebung der Burg Preußisch Eylau die blutigste Schlacht des Krieges der Vierten Koalition statt, bei der etwa 50.000 Menschen starben oder verwundet wurden. Französische Truppen unter dem Kommando Napoleons kämpften gegen die russisch-preußische Armee unter der Führung von Bennigsen. In dieser blutigen Schlacht gab es keinen klaren Sieger, aber nach dem nächtlichen Rückzug Bennigsens erklärte Napoleon sich zum Sieger.

Während des Großen Vaterländischen Krieges wurde die Burg stark beschädigt. Restaurierungsarbeiten begannen erst in den 90er Jahren des zwanzigsten Jahrhunderts.