Die Siedlungen von Menschen im Gebiet um den Kreml entstanden bereits in der Epoche des Mesolithikums. Archäologische Ausgrabungen zeigen das Vorhandensein großer Siedlungen in den heutigen Gebieten Feffelowo Bor, Kanischtschewo, Borki und in der Rybatskaja-Straße. Slawische Stämme begannen im VI-VII Jahrhundert, diese Orte zu besiedeln. Die große Siedlung Borkowskoje, die sich auf der Okski-Insel befand, handelte aktiv mit Byzanz und Ländern des Ostens und Westens. Eine weitere wichtige befestigte Siedlung war die Stadt Borisow-Glebow, die später zur Residenz der Erzbischöfe von Perejaslawl und zum Borisoglebsker Platz wurde. Die große Anzahl an Siedlungen und das Vorhandensein eines Handelsports machten den Bau einer befestigten Stadt zur Notwendigkeit, um die Bevölkerung und die Umgebung zu schützen. Diese Stadt wurde Perejaslawl-Rjasanski.

Das Gründungsdatum des Kremls von Perejaslawl-Rjasanski ist im Folgenden Psalter vermerkt, der im Museum-Reservat aufbewahrt wird: "Im Jahre 1095 wurde die Stadt Perejaslawl Rjasan um die Kirche des heiligen Nikolaus des Alten gegründet, folgender Psalter der Iljinsker Kirche, 1570, S.378".

Im XI Jahrhundert stellte der Kreml von Perejaslawl-Rjasanski eine befestigte Festung dar, die sich im nordwestlichen Teil des heutigen architektonischen Komplexes, an der Stelle der heutigen Kirche des Heiligen Geistes, auf einer Fläche von 2 Hektar befand. Rund um die Festung lagen Siedlungen und unbefestigte Dörfer, in denen Bauern, Fischer und Handwerker lebten. Die Straßen waren mit Holz gepflastert, und die Höhlen lagen dicht beieinander. Der Fürstenpalast stand wahrscheinlich an der Stelle der heutigen Dukhowskaja-Kirche. Die umliegende Landschaft war von Wäldern bedeckt, und die Flüsse Trubezh und Lybed waren schiffbar. Auf dem Hügel lagen die Seen Byströje und Karasewo, aus denen während der Belagerungen Wasser entnommen wurde. Bei Hochwasser traten die Flüsse und die Oka über die Ufer und verwandelten den Kreml-Hügel in eine Insel.

Ausgrabungen im Schitny-Graben, die zur zweiten Hälfte des XII Jahrhunderts gehören, bestätigen, dass Perejaslawl-Rjasanski anderthalb Jahrhunderte früher entstand als die erste Erwähnung in der Chronik von 1300. Ursprünglich war es eine der Festungen des Rjasan-Fürstentums. Nach der Zerstörung von Rjasan durch die Mongolen-Tataren im Jahr 1285 verlegte Erzbischof Wasilij von Rjasan den Bischofssitz nach Perejaslawl, und Mitte des XIV Jahrhunderts wurde hier auch die Hauptstadt des Fürstentums verlegt. Ab dem XII Jahrhundert wuchs die Stadt und nahm den gesamten Kreml-Hügel ein, was den Ausbau der Verteidigungsanlagen erforderte. Es wurden neue Holzschutzwälle und Türme gebaut. Der südliche Hang stellte eine Gefahr dar, weshalb im XII Jahrhundert mit dem Bau eines Verteidigungswalls und eines Grabens begonnen wurde. Bis zur Mitte des XVII Jahrhunderts standen dort Mauern. Litauische Chroniken des XIV Jahrhunderts vermerken, dass die Stadt an einem "angeborenen Verteidigungsort" lag und ihre Befestigungen beeindruckten wie eine Hauptstadtburg. Im XV Jahrhundert entstand in der Nähe der Stadt eine befestigte Ostrach, und der Steinbau begann. Das erste steinerne Bauwerk war die Uspenski-Kathedrale, gefolgt von dem Glebowski-Turm und der Erzengelkathedrale.

Der Kreml war von Verteidigungsvorposten umgeben: der Borisoglebsker Festung, den Klöstern von Troizki, Solotschinski, Poschupowski und Bogojawlenski. Der Kreml und Perejaslawl wurden zum Ausgangspunkt der Abwehrlinie des Moskauer Fürstentums.

Im XVIII Jahrhundert, mit der Erweiterung der Grenzen des Russischen Reiches, endete der militärische Bau in Perejaslawl und machte Platz für die zivile Architektur. Die Holzschutzwälle und Türme des Kremls waren baufällig geworden. 1778 wurde Perejaslawl-Rjasanski in Rjasan umbenannt und wurde 1796 zum Zentrum des Rjasaner Gouvernements. Die Stadt begann, nach einem regulären Plan umgebaut zu werden, die baufälligen Mauern und Türme des Kremls wurden abgerissen. Die administrative, weltliche und kulturelle Lebensweise konzentrierte sich in neuen Zentren. Die Rekonstruktion des Kremls setzte sich fort: 1789 begann der Bau des Glockenturms der Uspenski-Kathedrale, die Christgeburt-Kathedrale wurde umgebaut. Bis zum Ende des XIX Jahrhunderts fanden Umbauten des Erzbischöflichen Palastes statt. Der Flusshafen an der Trubezh blieb der Hauptanlaufpunkt. Am Spasski-Jar wurde eine steinerne Kirche erbaut. 1884 wurde das Rjasaner Historische Museum gegründet, und 1895 wurde in der Nähe des Kremls der Kathedralen-Boulevard angelegt und ein Triumphbogen errichtet.

Im Jahr 1918 wurden alle Museen und Sammlungen im gubernatorischen historischen und kunsthistorischen Museum zusammengelegt. Das Hauptgebäude des Museums wurden 1922 die Erzbischöflichen Kammern des Rjasan-Kremls. Die ersten Restaurierungsuntersuchungen begannen in den 20er und 30er Jahren. Projekte zur Restaurierung des Komplexes und der Gebiete außerhalb der Stadt wurden vorbereitet. Im Museum arbeiteten bekannte Spezialisten, aber die weiteren Arbeiten wurden durch den Großen Vaterländischen Krieg unterbrochen.

Zu Beginn des Krieges befand sich auf dem Kreml-Wall ein Luftabwehrpunkt, und am Fuße fanden Artillerieübungen statt. Die Bombardierungen betrafen den Kreml nicht. Ab den 1950er Jahren begann eine umfassende Restaurierung des Komplexes. Das Hauptproblem war der Zustand des Fundaments der Uspenski-Kathedrale und des Glockenturms. Für die Restaurierung wurden Spezialisten des U-Bahn-Baus herangezogen. Die Gestaltung des Geländes begann, es entstanden die Trubezh-Promenade, grüne Alleen und Plätze, die Beleuchtung der Gebäude, und der Kathedralenpark wurde angelegt. Ab 1964 arbeitete im Uspenski-Kathedrale ein Planetarium und Museumsausstellungen. Die Gebäude wurden an Verwaltungsbehörden übergeben, in der Christgeburt-Kathedrale und der Kirche der Erscheinung wurde das regionale Archiv untergebracht, die Dukhowskaja-Kirche beherbergte die Museumsbibliothek, und die Iljinski-Kirche wurde zu einem wissenschaftlichen Vorlesungssaal. 1968 wurde der Rjasan-Kreml zum historischen und architektonischen Museum-Reservat mit einem besonderen Schutzstatus.