Einer der ältesten Klöster Moskaus befand sich zwischen Pokrovka und Myasnitskaya und bestand über fünf Jahrhunderte. Die erste Erwähnung in den Chroniken datiert auf das Jahr 1412. Die Gründer waren "moskauer Gäste", wahrscheinlich Kaufleute aus Nowgorod, die hier die erste Holzkirche errichteten. Ein wichtiges Ereignis in der Geschichte des Klosters war der Besuch des Großfürsten Iwan III. Als er erfuhr, dass das Kloster, das bereits im Niedergang war, den Namen seines himmlischen Schutzpatrons Iwan Chrysostomus trug, beschloss der Fürst, es zu erneuern. 1478 erhob er den Status des Zlatoustow-Abtes in der Kirchenhierarchie Moskaus, und 1479 legte er die Grundsteine für eine Steinkirche zu Ehren des Heiligen Iwan Chrysostomus mit einer Kapelle zu Ehren des Apostels Timotheus, an dem Tag, an dem er geboren wurde. Der Tempel wurde von Pskower Meistern erbaut. Seitdem wurde das Kloster als großfürstlich bezeichnet und zog mehrfach die Aufmerksamkeit russischer Monarchen auf sich.

Im Jahr 1706 gründete Zar Peter I. hier ein Erzpriesteramt. 1737 spendete Kaiserin Anna Ioannowna einen erheblichen Betrag für die Wiederherstellung des Klosters nach einem Brand. 1742 besuchte Kaiserin Elisabeth Petrowna das Kloster und stellte Mittel für den Bau einer Kirche zu Ehren von Zacharias und Elisabeth zur Verfügung.

Vertreter adliger Familien Russlands betrachteten es als Ehre, im Zlatoustow-Kloster beigesetzt zu werden. Unter ihnen waren Gefährten Peters I.: Admiral F.M. Apraksin, Konteradmirale I.K. Muchanow und I.A. Senjawin, Generalfeldmarschälle A.I. Rumjanzew, M.A. Matjuschkin und andere. Dank ihrer Bemühungen entstanden in Russland eine Armee und eine Marine, die bis heute die Souveränität des Landes verteidigen.

In den 1930er Jahren wurde das Kloster zerstört. Das einzige erhaltene Gebäude, der Zellenbau, wurde 1862 erbaut (M. Zlatoustinischer Per. d. 5, str.1). Heute befindet sich hier das Pfarrhaus der Kirche Kosmas und Damian auf Maroseyka. Seit 2011 arbeitet im Tempel ein Zentrum zur Erforschung der Geschichte und des Erbes des Zlatoustow-Klosters, jährlich finden die "Zlatoustow-Lesungen" statt, und es wird daran gearbeitet, das Gedächtnis an das alte Kloster in der Hauptstadt zu bewahren. Am 16. Mai 2019 erließ das Departement für kulturelles Erbe Moskaus einen Erlass zur Aufnahme des Ortes, an dem sich von Anfang des 15. Jahrhunderts bis in die 1930er Jahre das Moskauer Zlatoustow-Kloster befand, in das Register der Denkmäler der Geschichte und Kultur der Völker der Russischen Föderation.

Das Kloster, zerstört, aber lebendig in der Erinnerung, öffnet ein neues Kapitel seiner Geschichte.